中國的流轉稅制自1994年稅務改革以來，其顯著特征之一是增值稅與營業稅并行。相對于消費型增值稅，當時中國的增值稅屬于生產型增值稅，即只有貨物銷售、加工和修理修配以及進口貨物需要繳納增值稅。而郵電通信、交通運輸、租賃、保險金融等很多部門未被納入增值稅的征管體系而需要繳納營業稅。兩個流轉稅稅種的平行存在導致適用兩個不同稅種的上下游企業之間無法實現增值稅的抵扣，即產生重復征稅。在2011年11月16日，經國務院同意，財政部和國家稅務總局在上海開始營業稅改增值稅的改革試點。從2012年1月1日起，在上海市交通運輸業和部分現代服務業開展營業稅改征增值稅試點。2012年7月31日，又將改革試點范圍，由上海市分批擴大至北京等8個省和直轄市。2013年8月1日起，在全國范圍內開展交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點的相關稅收政策。2014年1月1日起，在全國范圍內開展鐵路運輸和郵政業營改增試點。2014年6月1日起將電信業納入“營改增”的范圍之內。2016年3月，財政部、國家稅務總局網站發布《關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號，以下簡稱“36號文”），明確自2016年5月1日起，在全國范圍內全面推開營改增試點，建筑業、房地產業、金融業、生活服務業等營業稅納稅人，全部納入試點范圍，由繳納營業稅改為繳納增值稅。36號文附件一的第十五條規定：提供交通運輸、郵政、基礎電信、建筑、不動產租賃服務，銷售不動產，轉讓土地使用權，稅率為11%；提供有形動產租賃服務，稅率為17%；境內單位和個人發生的跨境應稅行為，稅率為零（具體范圍由財政部和國家稅務總局另行規定）；除此之外，稅率為6%。
“營改增”的完成，特別是消除了兩個流轉稅稅種平行存在所導致的重復征稅，似乎為解決PPP項目中的流轉稅問題提供了可能。但是，作者經過分析認為，如果沒有正本清源地從性質上對PPP有清晰的界定，在維持稅收中性原則、不對PPP開特別口子的前提下，“營改增”可能掩蓋一些問題表象，不利于從根本上解決PPP項目落實過程中存在的稅負不合理問題；“營改增”并不會減輕因引入PPP模式而額外增加的稅收負擔，反而可能進一步加重社會資本的稅收負擔。
以市政道路為例，如若將PPP項目公司向政府約定的收費全部作為增值稅應稅的一個單項收入，則在“營改增”之后無論是按照建筑業或房地產業都是按11%稅率征收增值稅。PPP項目公司可以將向工程總包方支付價款的進項稅（稅率也是11%）從增值稅銷項稅中扣除。PPP項目建設成本（不包括資本化的利息部分）會給PPP項目公司帶來很大一筆增值稅進項稅留待以后抵扣。在建設成本沒有完全回收之前，PPP項目公司不需要繳納增值稅。但是，這樣的處理方式和結果存在兩個問題：1.將PPP項目公司當作了工程總包方，而將真正的工程總包方當作了工程分包方，這明顯不符合PPP的實質以及相關各方在PPP項目中的地位和作用。2.增加了PPP項目公司的稅收負擔。在“營改增”之前，有部分地區將PPP項目公司作為項目總包方對待，而將其獲得的全部政府支付價款扣除其支付給工程總包方的價款后的余額按照建筑安裝業征收3%營業稅（由于營業稅是價內稅，如果換算成價外稅則是約3.09%）。而“營改增”完成之后，如果按照上述方法征收增值稅，即相當于向政府收費部分（不含增值稅）減去支付給工程總包方價款部分（不含增值稅）的余額需要繳納11%增值稅。如果不考慮甲供材料增加可抵扣進項稅這一因素，流轉稅的有效稅負最高可達“營改增”之前的3.56倍！而且，36號文規定“適用一般計稅方法的試點納稅人，2016年5月1日后取得并在會計制度上按固定資產核算的不動產或者2016年5月1日后取得的不動產在建工程，其進項稅額應自取得之日起分2年從銷項稅額中抵扣，第一年抵扣比例為60%，第二年抵扣比例為40%。取得不動產。”但是，政府付費項目在會計核算上是作為無形資產或金融資產核算，并不按照固定資產核算。所帶來的問題是，PPP項目獲得的不動產進項稅抵扣是否需要遵守這一抵扣比例的規定？雖然這個問題可能只是一個純理論問題，幾乎不可能有PPP項目頭兩年的應稅收入就超過了工程建設支出，但是，我們仍然希望能就這一問題予以明確。
作者堅持認為，PPP項目公司獲得的政府支付（以及使用者付費）往往具有雙重性質：（1）PPP項目公司作為項目運營者的運營收入（運營收入性質）；（2）補償了項目公司運營成本費用后的部分是社會資本的資金回收和回報（投資回收/回報性質）。該雙重性質問題與如何從稅收角度理解PPP從而避免不當重復征稅有關，與“營改增”無關，故在此不贅述，請參閱作者其他的文章。運營收入性質部分如何繳納增值稅可以直接查閱36號文以及增值稅其他法規、規章；投資回收/回報性質是否應該繳納增值稅以及如何繳納增值稅則比較復雜。作者認為應將PPP項目公司所獲得投資回收/回報性質部分進一步拆分為三部分：第一部分是PPP項目工程建設成本（不包括資本化的借款利息），即投資回收；第二部分是PPP項目的運營管理收入，即運營管理服務收入；第三部分是PPP項目資金回報，即貨幣時間價值。
由于PPP項目公司是代替PPP項目發起方行使了甲方職能，所以對于第一部分的增值稅，PPP項目公司只是一個“導管”，為了滿足增值稅征管的需要，實現增值稅鏈條的連續和完整，應將第一部分開票給項目發起方或其指定的最終接收PPP項目資產的平臺公司。也許有人會產生疑問：與PPP項目工程相關的增值稅進項銷項相抵后，PPP項目公司在特許經營期內運營收入性質的收入所產生的增值稅銷項稅沒有獲得與不動產相關的增值稅進項稅抵扣，增值稅稅負是否就會高于非PPP模式呢？其實從經濟角度分析，如果認為社會資本在PPP項目中的作用就是為政府提供融資以平滑政府財政支出，并且在特許經營期內利用自身專業優勢運營PPP項目，那么項目資產本來就應該歸項目發起方所有。資產所有者（項目發起方）并沒有向資產運營者（PPP項目公司）收取相當于資產折舊的名義租金。換而言之，社會資本在PPP模式與非PPP模式的自有資產或租賃資產經營/承包經營中的成本結構是不同的，稅收結果當然隨之不同。
第二部分和第三部分的增值稅稅率恰巧都是6%。這樣避免了因為稅率不同而需要人為拆分這兩部分收入以分別計算繳納增值稅的麻煩。雖然36號文規定貸款服務的進項稅額（即第三部分）不得從銷項稅額中抵扣，但是由于政府不是增值稅一般納稅人，沒有進項稅抵扣的需要，所以將第二第三部分加總在一起按一個稅目繳納增值稅在實際操作中并不會產生稅收流失問題。雖然6%比“營改增”之前的3.09%高出近一倍，而且可以抵扣的進項稅非常有限，但是，仍比按照建筑業或者房地產業繳納11%增值稅低了很多。
需要澄清一點，作者并非認為以上所分析的問題是“營改增”所造成的，根本原因是PPP項目周期諸多環節的經濟實質和法律形式不一致所導致。因此，作者個人認為，最終的解決方法可能還是需要財政部和國家稅務總局盡快頒布一些財稅規章，基于稅收公平、稅收中性原則從經濟實質出發對PPP模式進行定性。
