值得注意的是，如果行為人的此類行為在施行日以前就曾發生，又跨越施行日延續或持續實施這些行為的，在作出的處罰告知和行政處罰決定中，稅務機關只需列舉施行日以后發生的違法行為，依法給予處罰即可，不必涉及以前的行為，以免被誤認為在以新法追溯以往的行為，而招致不必要的行政復議、行政訴訟。
原辦法有處罰規定，而新辦法沒有設立處罰規定的一般情形
法律通過評價和懲處功能，實現立法目的。隨著社會的發展、變化，其評價標準也在不斷改變，原來認為具有社會危害性的行為，現在認為不具有社會危害性，在法律上的表現就是國家對法律的修改。修改后的法律對這類行為做出了沒有社會危害性的評價，并相應取消對這種行為的懲罰時，就應適用新的法律，對這種行為重新進行評價并相應的調整懲罰。
我國刑法第十二條規定，本法施行以前的行為，如果當時的法律不認為是犯罪的，適用當時的法律；如果當時的法律認為是犯罪，依照本法規定應當追訴的，按照當時的法律追究刑事責任，但是如果本法不認為是犯罪或者處刑較輕的，適用本法。
《最高人民法院關于審理行政案件適用法律規范問題的座談會紀要》（法[2004]96號）對行政機關處理行政相對人發生在新法施行以前的行為，既規定了應當實體從舊、程序從新，又作了適用新法對保護行政相對人的合法權益更為有利的應適用新法的規定。
從法理分析，從舊兼從輕原則是我國處理各種法律問題的一項基本原則，除了刑法適用外，在行政管理和行政處罰涉及的法律問題，也都應當適用從舊兼從輕原則。通過對國家公權力的限制和有利于行為人的法律適用，得以實現對行政相對人的人權及其他合法利益的保障。
例如，原辦法第三十六條及細則相關條款將“未按規定設置發票登記簿”和“未按規定建立發票保管制度”分別列入未按規定開具發票、未按規定保管發票的行為，規定可處以1萬元以下的罰款，但新辦法取消了對這些行為的處罰規定。
對于此類原辦法有處罰規定，而新辦法不認為是違法，沒有設立處罰規定且其他稅收法律法規也沒有相關處罰規定的行為，根據法理以及上述規定，適用新辦法更有利于保護稅務行政相對人的合法權益，對這類行為不應追溯處罰。
原辦法有處罰規定，而新辦法沒有設立處罰規定的特殊情形
雖然新辦法刪除了原辦法中對某些行為的處罰規定，但并不表示這些行為就全部不是違法行為，不需處罰了，而是因為對某些行為的處罰規定與稅收征管法中的處罰規定相同而沒必要再作重復規定。
如，稅收征管法第七十條對“納稅人、扣繳義務人逃避、拒絕或者以其他方式阻撓稅務機關檢查的”行為有處罰規定，而原辦法第三十六條對“未按照規定接受稅務機關檢查的”行為所設立的處罰已包含在稅收征管法第七十條的處罰中，因此在新辦法中，取消了對該行為的處罰。對于在發票管理事務中，不接受稅務機關檢查的，如果違法行為發生在施行日以前的，仍按原辦法第三十六條的規定進行處罰；對于施行日以后發生的此類違法行為，就應依照稅收征管法第七十條的規定進行處罰。
在檢查實務中，遇到在新辦法中找不到處罰規定的行為，不能簡單地以為不是違法行為而不需處罰，還應查看稅收征管法等相關法律法規是否有處罰規定。
對新辦法施行之前開始發生，延續或持續到新辦法施行之后的發票違法行為如何處罰
首先要根據原辦法和新辦法的規定，分別判斷該行為在兩個時段是否均已構成發票違法行為。對跨越施行日前后，違法行為性質、種類都相同的發票違法行為，應視最高處罰額度的異同分別給予處罰：
（一）原辦法和新辦法最高處罰額度相同的。例如對“應開具而未開具發票的”行為，都規定可處以1萬元以下的罰款。對于這類違法行為，即使是在施行日前后延續或持續發生，也不能按原辦法和新辦法分別處以兩次罰款，而只能視為一次違法行為，處以1萬元以下的罰款，但可以在最高額度內從重處罰。
（二）新辦法最高處罰額度高于原辦法的。原辦法對代開、轉借、轉讓發票的行為均規定可處以1萬元以下罰款。而新辦法對非法代開及轉借、轉讓發票的行為，均規定分別處以5萬元以下或5萬元以上50萬元以下的罰款。對于這類性質、種類相同，但最高處罰額度不同的違法行為，也不應分為兩段處罰，而應將施行日前后發生的數次行為，合并為一次違法行為，按新辦法規定的罰款額度進行處罰。
稅務行政執法中，應遵循不溯及既往和從舊兼從輕的總原則，來適用新舊處罰規定
立法法第八十四條規定，法律、行政法規、地方性法規、自治條例和單行條例、規章不溯及既往，但為了更好地保護公民、法人和其他組織的權利和利益而作的特別規定除外。
最高人民法院印發的《關于審理行政案件適用法律規范問題的座談會紀要》第三條“關于新舊法律規范的適用規則”規定為，根據行政審判中的普遍認識和做法，行政相對人的行為發生在新法施行以前，具體行政行為作出在新法施行以后，人民法院審查具體行政行為的合法性時，實體問題適用舊法規定，程序問題適用新法規定，但下列情形除外：（一）法律、法規或規章另有規定的；（二）適用新法對保護行政相對人的合法權益更為有利的；（三）按照具體行政行為的性質應當適用新法的實體規定的。
雖然現在對于稅務行政執法中的新舊法規處罰規定的銜接問題尚無明確界定，但上述規定應作為處理新辦法施行日前后發生的發票違法行為的法律法規適用總原則。
在處理發票違法案件適用實體法時，要以維護當事人合法權益為宗旨，為了更好地保護公民、法人和其他組織的權利和利益，應遵循不溯及既往和從舊兼從輕的原則，不能用已廢止的處罰規定，對發生在施行日以后的行為進行于法無據的處罰，更不能以新處罰規定，對以往的行為進行追溯處罰，對于當時是違法行為，但新法取消了處罰規定的，不應再作追究。
