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2015年10月1日起，“三證合一”在全國(guó)范圍內(nèi)實(shí)施，新設(shè)立企業(yè)、農(nóng)民專業(yè)合作社領(lǐng)取由工商行政管理部門核發(fā)加載法人和其他組織統(tǒng)一社會(huì)信用代碼的營(yíng)業(yè)執(zhí)照后，無(wú)需再次進(jìn)行稅務(wù)登記，不再領(lǐng)取稅務(wù)登記證。但“三證合一”并不是簡(jiǎn)單地“合”，以下三個(gè)方面的稅務(wù)風(fēng)險(xiǎn)不能忽視。
日常管理
“三證合一”后，無(wú)需辦理稅務(wù)登記，稅務(wù)登記信息與工商、質(zhì)檢等部門的注冊(cè)登記信息比對(duì)分析也將不存在，但并不意味著稅務(wù)機(jī)關(guān)放棄或放松日常監(jiān)管，稅務(wù)機(jī)關(guān)將完善相關(guān)法規(guī)政策，加強(qiáng)后續(xù)管理。
《國(guó)家工商行政管理總局、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于做好“三證合一”有關(guān)工作銜接的通知》（工商企注字〔2015〕147號(hào)）規(guī)定，企業(yè)登記機(jī)關(guān)新設(shè)登記、變更登記（備案）后，將其基本登記信息、變更登記（備案）信息即時(shí)共享到省級(jí)信息共享交換平臺(tái)。稅務(wù)機(jī)關(guān)確認(rèn)納稅人信息后，將該稅務(wù)主管機(jī)關(guān)全稱即時(shí)共享到交換平臺(tái)。這樣，稅務(wù)與工商部門共享“一照一碼”注冊(cè)登記信息。
稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)接收的新登記注冊(cè)戶應(yīng)開展納稅身份甄別，確認(rèn)負(fù)有納稅義務(wù)的，及時(shí)納入稅收管理。
發(fā)票管理
“三證合一”后，一些涉稅信息如稅種、票種登記等需要稅務(wù)機(jī)關(guān)補(bǔ)錄，才能納稅申報(bào)和購(gòu)買發(fā)票，納稅人與稅務(wù)機(jī)關(guān)接觸最多的可能是申領(lǐng)發(fā)票，發(fā)票管理將取代稅務(wù)登記，成為整個(gè)稅收管理的基礎(chǔ)。
《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于創(chuàng)新稅收服務(wù)管理若干問(wèn)題的意見(jiàn)》（稅總發(fā)〔2014〕85號(hào)）規(guī)定，初次申領(lǐng)普通發(fā)票數(shù)量應(yīng)控制在一個(gè)月用量或省稅務(wù)機(jī)關(guān)確定的初次領(lǐng)用數(shù)量范圍內(nèi)。對(duì)納稅信用好、稅收風(fēng)險(xiǎn)低的納稅人可適當(dāng)放寬，但最多不得超過(guò)省稅務(wù)機(jī)關(guān)確定的最高領(lǐng)用數(shù)量，省稅務(wù)機(jī)關(guān)未確定最高領(lǐng)用數(shù)量的，最多不得超過(guò)三個(gè)月使用量。對(duì)新開業(yè)的一般納稅人，稅務(wù)機(jī)關(guān)可按照納稅人生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)規(guī)模、經(jīng)營(yíng)模式、行業(yè)特點(diǎn)、開具發(fā)票特殊性等因素設(shè)置增值稅專用發(fā)票基本月供應(yīng)量，申領(lǐng)超過(guò)基本月供應(yīng)量的納稅人，需向稅務(wù)機(jī)關(guān)提供相關(guān)證明材料。對(duì)小規(guī)模納稅人（包括個(gè)體工商戶）第一次申請(qǐng)發(fā)票增量時(shí)，可以要求其法定代表人或者財(cái)務(wù)負(fù)責(zé)人到場(chǎng)。對(duì)新增納稅人已領(lǐng)用發(fā)票卻未及時(shí)申報(bào)等情況，采取停止供應(yīng)發(fā)票、實(shí)地核查等應(yīng)對(duì)措施。對(duì)列入企業(yè)異常名錄的納稅人采取停供發(fā)票措施。同時(shí)，稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)專用發(fā)票系統(tǒng)進(jìn)行升級(jí)，而且推行電子發(fā)票，可以通過(guò)網(wǎng)絡(luò)實(shí)時(shí)監(jiān)控和掌握納稅人的發(fā)票開具信息。
“黑名單”管理
“三證合一”后，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)分類處理納稅人清稅申報(bào)，根據(jù)企業(yè)經(jīng)營(yíng)規(guī)模、稅款征收方式、納稅信用等級(jí)指標(biāo)進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)分析，對(duì)風(fēng)險(xiǎn)等級(jí)低的當(dāng)場(chǎng)辦結(jié)清稅手續(xù)；對(duì)于存在疑點(diǎn)情況的，企業(yè)也可以提供稅務(wù)中介服務(wù)機(jī)構(gòu)出具的鑒證報(bào)告。稅務(wù)機(jī)關(guān)在核查、檢查過(guò)程中發(fā)現(xiàn)涉嫌偷、逃、騙、抗稅或虛開發(fā)票的，或者需要進(jìn)行納稅調(diào)整等情形的，辦理時(shí)限自然中止。在清稅后，經(jīng)舉報(bào)等線索發(fā)現(xiàn)少報(bào)、少繳稅款的，稅務(wù)機(jī)關(guān)將相關(guān)信息傳至登記機(jī)關(guān)，納入“黑名單”管理，將影響企業(yè)信用。 | 
