一、財政性資金的納稅調整
納稅人取得的財政性資金，同時符合財稅（2011）70號文件所列三個條件，可判斷為所得稅上的不征稅收入，不符合條件的屬于所得稅上的征稅收入。
如果作為征稅收入處理，也有可能存在稅會的時間性差異。會計上按照相關準則的規定，可能在受益期間確認收入。而所得稅上必須于實際取得年度一次性確認收入。兩者的時間性差異，在5020“未按權責制調整表”進行納稅調整。
如果作為不征稅收入處理，稅會差異的調整在5040“專項用途財政性資金調整表”及5080“資產折舊調整表”調整。所得稅上的不征稅收入可用二句話描述：收入不作收入、支出不作支出。具體調整方法：會計上在從遞延收益轉到營業外收入科目或其他收益科目時，會計上計入了當期損益，所得稅上不作收入，在5040表第4列“計入本年損益的金額”進行納稅調減。同時會計上相關支出計入了“管理費用”等科目，而稅法上不征稅收入對應支出，不能在稅前列支，故在5040表11列“費用化支出金額”進行納稅調增。如果不征稅收入用于購置固定資產等用途，相對應的固定資產計稅基礎為0，相當于稅收上沒有折舊，而會計上仍可按原值計提折舊，二者差異最終通過5080表第3列“會計折舊額”與第5列“稅收折舊額”從而反映在第9列進行調整。
不征稅收入還有60月未用完、必須轉所得稅上收入的規定。這在5040表14列“應計入本年應稅收入”列次調整。需要注意的是，這里調整僅指60月未用完、會計上沒有計入收入的部份。
二、權益法核算下長期股權投資的調整
采取權益法核算的長投，會計核算和所得稅處理都比較復雜，稅會調整也遠比成本法調整起來麻煩。所得稅處理上二大原則：一是所得稅上按歷史成本為基礎，二是股息紅利的確認時點為股東會作出利潤分配日期。
權益法下對取得長投的負商譽，如花100取得了對方可辨認凈資產公允價份額120的股權，會計上20計入了營業外收入，所得法上20不作收入，在5000第5行進行納稅調減。同時，會計上長投成本為120，所得稅按100作計稅基礎，在股權處置時在5030表通過稅會成本差異從而體現稅會處置所得差異。
權益法下長投核算，需要按被投資企業凈損益變化，計入投資收益。稅法上在作出分配時進行稅務處理，在沒有分配、會計上計入投資收益時，在5030表進行調減。在實際分配、會計上已計入收益時，在5030表進行調增，同時符合免稅條件股息紅利必須在7011表作稅收優惠處理。
三、從合伙企業分回利潤會不會重復調整？
新申報表在5000納稅調整表增設了一列“有限合伙企業法人合伙方應分得的應納稅所得額”，專門用于調整從合伙企業分得的所得額。部份企業通過“投資收益”科目核算分回來的利潤，在填申報表時不需再通過5030“投資收益調整表”調整，而直接在5000表第41行調整，這樣的對應關系更加清晰。
合伙企業不是企業所得稅的納稅人，合伙企業采取“先分后稅”，這里的分是指“應劃分”而不是“實分得”。“應分未分”時在41行納稅調增，“實分但已按應分作了調整的”在41行作納稅調減。
法人合伙人從合伙企業分得的所得額，不屬于居民企業間股息紅利，不能作免稅收入處理。
對合伙企業對外投資取得的利息股息紅利、涉農所得等，企業所得稅和個人所得稅有不一樣的穿透規則，法人合伙人通過合伙企業對外投資取得股息紅利，一般不視為“直接投資”，要繳企業所得稅。
