隨著當今物流行業的飛速發展，交通運輸和物流輔助服務混業經營的情形日益增多，兩者之間的界限也越來越不清晰。因此，一些物流企業誤讀營改增試點政策中關于交通運輸服務和物流輔助服務兩個稅目的相關規定，認為只要人為設定一個主輔業收入比例就屬于獨立核算，進而造成抵扣不合規和計收不合規等情況的發生。
案例
日前，北京市國稅局第一稽查局檢查組對M物流企業所屬2012年～2014年度納稅情況開展了稅務稽查。在調閱“應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）”科目時，發現該企業自營改增以來，有部分交通運輸業務（11%稅率）和物流輔助業務（6%稅率）的應稅收入額比例均為3∶1。這讓檢查組人員覺得十分可疑，隨即要求企業提供此類業務合同，發現該企業作為受托方與客戶簽訂的均為交通運輸合同，合同以“門到門”“站到站”運輸為主。合同總體框架為：由鐵路運輸系統作為第三方提供“站到站”運輸服務，“門到門”的短途分送服務由該企業自身或委托其他第三方提供，并在合同中注明了該企業承攬此運輸業務所涉及的短期倉儲周轉、裝卸搬運等具體工作環節。合同僅注明運輸總價款，并約定該企業就運輸過程中發生貨運事故或出現貨損、貨差承擔責任。
檢查組隨即約談了M物流企業財務負責人。財務負責人坦言自己對營改增中的運輸和物流輔助業務的區別不太理解，認為該企業在提供運輸服務當中發生的裝卸搬運類工作，應作為物流輔助服務獨立于交通運輸服務之外，因此就以一個固定比例將物流輔助服務單獨劃分出去，這樣做就達到了分別核算的效果，也就符合了《財政部 國家稅務總局關于將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2013〕106號，以下簡稱106號文件）的規定，可以按照各自稅率分別計算繳納增值稅。
檢查組發現，基于上述錯誤理解，在實際收取和開具發票操作中，M物流企業將取得的第三方運輸企業貨物運輸業增值稅專用發票做了全額抵扣處理，在給客戶開具發票時，則按照預設的比例計算銷售額，分別開具11%稅率的貨物運輸業增值稅專用發票和6%稅率的增值稅專用發票。
分析
檢查組認為，M物流企業承攬運輸業務中所發生的裝卸、搬運、倉儲短期周轉等工作環節是支撐“門到門”“站到站”運輸業務的必要條件，缺少上述工作則無法實現貨物在空間位置的移動，不能簡單以一個人為設定的固定比例確定運輸服務主業和輔助業務，更不能以此套用106號文件的相關規定。
例如，M物流企業為A客戶提供“門對門”運輸服務，將一批貨物從甲地運往乙地，再從A倉庫運輸到甲地貨站，到裝車再到乙地貨站和倉庫等各運輸環節，均需要裝卸搬運和短期倉儲，但這些工作是從屬于運輸服務主業的，是運輸服務中必不可少且密不可分的一部分，是企業承攬運輸業務必須付出的成本，不可能構成主體業務。因此，簡單地按照一定比例將搬卸裝運等工作從運輸服務總價款中拆分出來，并套用物流輔助服務6%稅率計算銷項稅額，并不能代表該企業承擔了一項物流輔助業務，也無法做到收入與成本的合理配比。
換言之，假設M物流企業受上述同一客戶委托為其再提供倉儲服務，與委托方簽訂單獨合同或在框架性合同中有單獨業務表述，有具體的倉儲服務價款或收費標準，在計收環節與運輸收入做到明確區分等，可以認為M物流企業提供了適用不同稅率或者征收率的另一項應稅服務，并做到了分別核算。在此情況下，就收取的該筆價款按照物流輔助6%稅率計提銷項稅額并開具發票，才符合106號文件規定。
建議
“營改增”對于物流行業的影響較大，檢查組建議相關企業的財務人員及時學習最新的“營改增”政策，重點關注對于混合銷售、兼營方面的規定。如《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）規定，當出現同時發生不同稅率的增值稅應稅行為時，要做到準確劃分，分別核算，不然就會出現涉稅風險。同時，準確掌握物流相關的稅目定義，對于做出正確的稅務處理是很有幫助的，特別是要認真學習相關法規中關于貨物運輸、貨物運輸代理、物流輔助服務具體稅目的定義。如果遇到掌握不準確的稅務問題，要及時與稅務機關溝通。
