一般檢查 2010 年至 2011 年兩個年度的稅款繳納情況，有涉及稅收違法行為的，應追溯到以前年度。
三、檢查重點
1. 收入總額的檢查。
一是檢查被查企業的銷售貨物收入、提供勞務收入、轉讓財產收入、股息紅利等權益性投資收益、利息收入、租金收入、特許權使用費收入、接受捐贈收入及其他收入是否并入收入總額。檢查中，要特別關注其從各種來源取得的貨幣形式和非貨幣形式的收入是否并入收入總額。有債務重組事項發生的，是否在債務重組合同或協議生效時確認收入；有信托投資事項的，其信托投資收益中提取的“項目管理費”和“項目業績報酬”是否并入收入總額；有股權轉讓事項的，是否于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認轉讓股權收入、股權轉讓所得。有資產處置事項的，內部處置的資產有無轉移出境，轉移出境時是否視同銷售處理；企業對外處置的資產，是否及時足額視同銷售處理。有融資性售后回租事項的，承租人出售資產的行為，是否確認銷售收入。二是租金收入未按收入確認時間計入應納稅所得額。三是信托投資取得的應稅收入應當以信托公司為納稅人，申報繳納企業所得稅。
2. 扣除項目的檢查。
一是被查企業稅前扣除的成本、費用、稅金、損失及其他支出，是否屬于其當期實際發生的、且與其取得收入有關的、合理的支出。有權益性投資事項的，其權益性投資業務是否列支應由被投資企業承擔的費用；有信托投資事項的，信托項目中列支的“營業費用”是否合法、真實并與收入有關；有股權轉讓事項的，在計算股權轉讓所得時，是否將不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額一并扣除。有融資性售后回租事項的，對融資性租賃的資產，是否按承租人出售前原賬面價值作為計稅基礎計提折舊。租賃期間，承租人支付的屬于融資利息的部分，如何在稅前扣除。 2008 年及以后年度發生的職工福利費、職工教育經費是否先沖減 2008 年初職工福利費余額、職工教育經費余額，不足部分再按新稅法規定扣除；為職工繳納的基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費等基本社會保險費和住房公積金是否超出國務院有關主管部門或者省級人民政府規定的范圍和標準；為職工支付的補充養老保險、補充醫療保險是否超過工資總額的 5%；是否超過規定標準列支業務招待費；是否稅前列支為發行權益性證券支付給有關證券承銷機構的手續費及傭金；是否稅前扣除稅法規定可提取的準備金之外的任何形式的準備金；是否稅前扣除與取得收入無關的其他各項支出；為投資者或雇員個人支付的商業保險費是否在稅前扣除。
二是各項資產稅務處理的檢查。重點檢查其是否準確界定各項資產，有無將資本性支出一次性稅前扣除；是否自行在稅前扣除未經報批的資產損失；未按稅法規定方法計提固定資產折舊或者低于稅法規定的計提折舊年限造成折舊計提不實；是否將不征稅收入用于支出所形成的費用或者財產，在稅前扣除或攤銷。
三是檢查是否存在多列支出的情況。稅前扣除是否超過規定標準的職工福利費支出、工會經費支出或實際發生額未過規定標準但按規定標準扣除職工福利費、職工工會經費；超過國家規定允許扣除的公益、救濟性的捐贈，以及非公益、救濟性的捐贈在稅前扣除；超過規定限額列支手續費及傭金。
四是檢查企業取得的各項票據，是否存在以不符合稅收法律、法規、規章規定的憑證列支費用。
3.企業重組的檢查。
一是債務重組事項的檢查。企業由法人轉變為個人獨資企業、合伙企業等非法人組織，或將登記注冊地轉移至中國境外，是否視同企業清算、分配，股東重新投資成立新企業；企業的全部資產以及股東投資的計稅基礎均是否以公允價值為基礎確定。企業發生其他法律形式簡單改變的，除另有規定外，其企業所得稅納稅事項（包括虧損結轉、稅收優惠等權益和義務）是否由變更后企業承繼。債務重組確認的應稅所得額占其當年應稅所得額 50%以上的，是否在 5 年內均勻計入各年度應稅所得額。檢查中應特別關注以非貨幣資產清償債務、債轉股等特別事項。以非貨幣資產清償債務，是否將該事項分解為轉讓相關非貨幣性資產、按非貨幣性資產公允價值清償債務兩項業務，確認相關資產的所得或損失。發生債權轉股權的，是否將該事項分解為債務清償和股權投資兩項業務，確認有關債務清償所得或損失；對債務清償和股權投資兩項業務暫不確認有關債務清償損益的，其股權投資的計稅基礎是如何確定的。
二是股權收購、資產收購的檢查。被收購方是否及時足額確認股權、資產轉讓損益；收購方取得股權或資產的計稅基礎是否按以公允價值為基礎確定。
三是業合并的檢查。被合并企業及其股東是否按清算進行所得稅處理；其虧損是否結轉到合并企業彌補。合并企業是否按公允價值確定接受被合并企業各項資產和負債的計稅基礎。
四是企業分立的檢查。被分立企業對分立出去的資產是否按公允價值確認資產轉讓損益；被分立企業繼續存在的，其股東取得的對價是否視同被分立企業分配進行處理；被分立企業不再繼續存在的，被分立企業及其股東都是否按清算進行所得稅處理。分立企業應按公允價值確認接受資產的計稅基礎。企業分立相關企業的虧損是否相互結轉彌補。五是備案事項的檢查。企業發生符合《財政部國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅 〔2009〕59 號）規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，是否提交了書面備案材料。凡未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。
4. 資產持有期間增值減值的檢查。
企業持有各項資產期間資產增值或者減值，除國務院財政、稅務主管部門規定可以確認損益外，不得調整該資產的計稅基礎。
5. 境外投資抵免的檢查。
一是企業定性的檢查。檢查主管稅務機關對被查對象的居民企業、非居民企業身份的界定是否準確。特別是對依照外國（地區）法律成立但實際管理機構在中國境內的境外企業，要參照《國家稅務總局關于境外注冊中資控股企業依據實際管理機構標準認定為居民企業有關問題的通知》（國稅發〔2009〕82 號）關于居民企業的判定標準的規定進行判別。
二是境外投資收益的檢查。檢查企業是否及時足額地申報了其境外投資收益。居民企業來源于中國境外的應稅所得，居民企業從其直接或者間接控制的外國企業分得的來源于中國境外的股息、紅利等權益性投資收益，非居民企業在中國境內設立機構、場所，取得發生在中國境外但與該機構、場所有實際聯系的應稅所得都應逐一核對。
三是抵免稅額的檢查。復核其抵免限額的計算是否準確，其申報的實際負擔的境外稅額是否真實、合法、有效。特別是對境外營業利潤所得以及符合境外稅額間接抵免條件的股息所得，雖有所得來源國（地區）政府機關核發的具有納稅性質的憑證或證明，但因客觀原因無法真實、準確地確認應當繳納并已經實際繳納的境外所得稅稅額的，有無將屬于上述規定以外的股息、利息、租金、特許權使用費、轉讓財產等投資性所得一并適用以其境外應稅所得額的 12.5%作為抵免限額。
四是共同支出分攤的檢查。在計算境外應納稅所得額時，企業為取得境內、外所得而在境內、境外發生的共同支出，與取得境外應稅所得有關的、合理的部分，應在境內、境外〔分國（地區）別，下同〕應稅所得之間，按照合理比例進行分攤后扣除。
五是境外虧損彌補的檢查。在匯總計算境外應稅所得額時，企業在境外同一國家（地區）設立不具有獨立納稅地位的分支機構，按照企業所得稅法及實施條例的有關規定計算的虧損，不得抵減其境內或他國（地區）的應納稅所得額，但可以用同一國家（地區）其他項目或以后年度的所得按規定彌補。
六是其他事項的檢查。企業從境外取得營業利潤所得以及符合境外稅額間接抵免條件的股息所得，凡就該所得繳納及間接負擔的稅額在所得來源國（地區）的法定稅率且其實際有效稅率明顯高于我國的，可直接以按本通知規定計算的境外應納稅所得額和我國企業所得稅法規定的稅率計算的抵免限額作為可抵免的已在境外實際繳納的企業所得稅稅額。
