在地方層面，我們可以看到有兩派觀點。上海市地方稅務局在 《上海市地方稅務局關于證券自營、貨運代理等業務征收營業稅若干問題處理意見的通知》（滬地稅一[1995]60號）規定：對企、事業單位從一級市場或二級市場上購入的國庫券、國家債券、企業債券后取得的到期兌付利息收入及保值補貼收入視同企、事業單位的投資收益不征收營業稅。對除金融機構以外的其他單位從事以上債券以及其他證券的買賣收益亦不征收營業稅。山東省地方稅務局在《山東省地方稅務局關于金融機構購買債券到期后取得的利息收入不征收營業稅問題的通知》（魯地稅函[2001]81號）中也持類似觀點，即對銀行等金融單位購買債券到期后取得的利息收入，不征收營業稅。但是，安徽省地方稅務局在《安徽省地方稅務局關于金融機構購買債券取得的利息收入征收營業稅問題的批復》（皖地稅函[2004]539號）則持有不同觀點。該局規定：對金融機構購買財政部發行的各種債券取得的利息收入免征營業稅。金融機構購買其他金融機構發行的債券取得的利息收入，不屬于金融機構往來收入，應按規定征收營業稅。由于財政部只發行國債和地方債，因此根據安徽的規定，金融機構只有購買國債和地方債取得的利息才免征營業稅。金融機構購買金融債、企業債等其他債券取得的利息所得都需要繳納營業稅。對此，廣州地稅在穗地稅發[2002]82號中也持類似觀點。
在各地對這一政策掌握口徑不一致的情況下，我們也查找了國家稅務總局在實際開展對金融機構稅務檢查中是如何看待這個問題的。在國家稅務總局《關于開展第二批大型企業集團稅收自查工作的通知》（稽便函[2009]49號）之《銀行業稅收自查提綱》規定：對其持有金融債券到期利息收入不征收營業稅，對其持有非金融債券到期利息收入照章征收營業稅。也就是說，從稽查實踐中來看，傾向于對于金融機構持有國債、地方債以及金融債取得的利息免征營業稅。但對于金融機構持有的企業債等其他債券取得的利息所得需要征收營業稅。
二、金融機構債券買賣營業稅政策
在第一個問題討論的基礎上，我們進一步梳理目前對于金融機構債券買賣的營業稅政策。目前對于債券買賣如何確認營業稅計稅基礎繳納營業稅的政策主要有兩個：《國家稅務總局關于印發<金融保險業營業稅申報管理辦法>的通知》（國稅發[2002]9號，以下簡稱國稅發[2002]9號）明確，債券轉讓的營業額為買賣債券的價差收入，即營業額=賣出價-買入價。債券買入價是指購進原價，不得包括購進債券過程中支付的各種費用和稅金。賣出價是指賣出原價，不得扣除賣出過程中支付的任何費用和稅金。而 《財政部、國家稅務總局關于營業稅若干政策問題的通知》（財稅[2003]16號）進一步對買入價如何確認進行了規定，即買入價依照財務會計制度規定，以股票、債券的購入價減去股票、債券持有期間取得的股票、債券紅利收入的余額確定。
由于目前金融機構從事債券買賣基本上都在銀行間債券市場和交易所債券市場進行，且在這兩個市場進行的債券交易都實行凈價交易。因此，我們就以債券凈價交易的方式來討論債券買賣的營業稅問題。假設A商業銀行2012年1月1日按面值買入才發行的三峽債1份（為方便計算，按一份算），年利率為6%，按年支付利息，于次年1月5日前付息。實際成交價均不包括購進和賣出債券過程中支付的各種費用和稅金。具體交易內容如下：
2012年1月1日，A商業銀行按面值購入1份三峽債。
2012年6月30日，A商業銀行以101.2的價格賣出該債券給B商業銀行，由于債券實行凈價交易，實際成交價為104.2（應計利息自動包含在成交價中）。此時，該商業銀行發生了債券轉讓行為，究竟應該如何繳納營業稅，這里有兩種觀點：
第一種觀點是就按債券凈價計算：101.2-100=1.2
第二種觀點是按實際成交價計算：104.2-100=4.2
但是，我們從《財政部、國家稅務總局關于營業稅若干政策問題的通知》（財稅[2003]16號）的規定來看，由于該文件規定買入價依照財務會計制度規定，以股票、債券的購入價減去股票、債券持有期間取得的股票、債券紅利收入的余額確定（這里的債券紅利應該指的就是利息）。既然買入價要扣除債券持有期間取得的利息，而債券轉讓營業稅如果按凈價計算，凈價中是不包含利息的。因此，從這個角度推理來看，營業稅中的債券買入價和賣出價應該指的是包含利息的實際成交價。基于這個推論，我們應該認為按照第二種觀點處理，即A商業銀行應該按照4.2繳納營業稅。實際這里的4.2可以分為兩部分：第一部分1.2是債券按凈價交易計算的資本利得，第二部分3是債券持有期間的應計利息。
2013年1月5日，B商業銀行取得該三峽債分配的利息所得6元。此時，根據我們在第一部分分析的政策來看，對于B商業銀行而言，三峽債既不屬于財政部發行的債券，也不屬于金融債，因此B企業取得的利息6元需要繳納營業稅。此時，我們就發現問題來了。對于B企業取得的6元利息中，3元已經在A商業銀行轉讓時被征收了營業稅。如果此時對B銀行取得的6元利息再全額征收營業稅，有3元就被重復征收了營業稅，這是一個很大的問題。
2013年6月30日，B商業銀行以102.5的交易凈價賣出該債券，實際成交價為105.5元。按照上面分析，我們應該以總價作為債券轉讓營業稅計稅依據。此時，賣出價是105.5元，沒有任何疑問。買入價根據財稅[2003]16號的規定以債券購入價減去持有期間取得的利息。購入價是104.2，持有期間實際取得的利息是6元。因此，我們可以得出如下的公式：
B商業銀行買賣債券營業稅計稅依據=105.5-（104.2-6）=105.5 6-104.2=105.5 6-（101.2 3）=105.5-101.2 （6-3）=(102.5 3)-101.2 (6-3)=102.5-101.2 (6-3) 3
通過對B商業銀行買賣債券營業稅計稅依據的公式分解我們可以看出，在B商業銀行賣出債券時，我們按照現行規則對B商業銀行營業稅的計稅基礎可分解為三部分：
第一部分：102.5-101.2是B商業銀行賣出和買入三峽債的按交易凈價計算的資本利得；
第二部分：6-3是B商業銀行2012年6月30日買入該債券后至2012年12月31日實際孳生的利息；
第三部分：3是B商業銀行在2013年1月5日分配取得6的利息后，在2013年1月1日和6月30日期間孳生的利息。
此時，我們可以看到，對于第二部分B商業銀行2012年6月30日買入該債券后至2012年12月31日孳生的利息3元，實際在B商業銀行2013年1月5日取得6元的利息收入時已經全部征收了營業稅。此時，在B銀行2013年6月30日賣出金融商品時按現行規則征收營業稅，對這部分3元的利息所得也重復征稅了。
對于第三部分的3，即B銀行在2013年1月5日和6月30日期間孳生的利息如果在其轉讓環節征稅，下一道購買者在分配取得利息時又會重復征稅，并一直循環下去。
同時，我們可以進一步看到，假設A商業銀行購買的不是三峽債而是國債。雖然我們規定對于金融機構購買國債取得的利息所得是不征收營業稅的。但是，如果對于金融機構的債券轉讓營業稅規則按上面方法設計，A商業銀行在2012年6月30日轉讓國債時，3元的持有期間利息實際就被征收了營業稅。B商業銀行在2013年1月5日分配取得6元的國債利息是不征收營業稅的。但是，在B商業銀行2013年6月30日賣出該國債時，第二部分（6-3）元即B商業銀行2012年6月30日買入該債券后至2012年12月31日實際孳生的國債利息被征收了營業稅，第三部分3元即B商業銀行在2013年1月5日分配取得6的利息后，在2013年1月1日和6月30日期間孳生的國債利息也被征收了營業稅。因此，在現有債券轉讓營業稅規則下，金融機構購買國債取得的利息收入不征收營業稅的規定是沒有得到落實的。
因此，我們可以看到，現行國家對于債券交易的營業稅政策，是存在很大的稅問題。由于我國目前金融機構債券交易僅銀行間市場就有上百萬億的規模，這個征稅規則的不完善造成的影響是比較大的。
三、完善我國債券交易營業稅政策的意見和建議
由于我國目前銀行間債券市場和交易所債券市場的債券交易都實行的是凈價交易，從既方便稅收征管，又防止重復征稅的角度，建議對債券交易的營業稅政策做如下調整：
第一，對債券交易的資本利得和利息所得的營業稅政策分開考慮，不宜混在一起。
第二，對債券買賣征收營業稅中的買入價和賣出價全部是按債券交易凈價計算，不包含債券孳生的應計利息。
第三，對于債券利息所得，在金融機構實際取得利息分配時（既包括持有期間取得的利息所得，也包括持有至到期取得的利息所得），視各種情況分別征稅。比如，如果金融機構持有的是國債、地方債或金融債的，實際取得的利息所得不征收營業稅。如果持有的是其他債券，實際取得利息所得時繳納營業稅。
按照這個規則，我們再回到上面的案例來看：
2012年6月30日，A商業銀行賣出債券時，就按債券交易凈價101.2-100=1.2申報繳納營業稅。
2013年1月5日，B商業銀行實際分配取得6元的債券利息，由于該債券是企業債，該銀行按6元申報繳納營業稅
2013年6月30日，B商業銀行賣出債券時，同樣按交易凈價102.5-101.2=1.3申報繳納營業稅。
按照這樣的規則設計政策，債券利息所得不會存在重復征稅問題，且將債券利息分離出來，也有利于政策制定者對于金融機構購買的不同種類債券取得的利息所得規定不同的營業稅征稅政策。同時，這樣的交易規則，在現行債券交易實行凈價交易的背景下，也方便于稅收的征管。
