須要注意的是，按照“老股老辦法、新股新辦法”原則，2012年3月1日前形成的限售股由于其基本資料不全，不具備按實際應納稅所得額征稅的條件。因此，2012年3月1日之前形成的限售股轉讓時，仍然按財稅[2009]167號規定的“核定（預扣）加清算”方法處理。
新上市公司向證券登記結算公司提供個人限售股股東成本原值資料
財稅[2009]167號第三條規定，個人轉讓限售股，以每次限售股轉讓收入，減除股票原值和合理稅費后的余額，為應納稅所得額。個人限售股股東成本是實際應納稅所得額征稅的必備條件。財稅[2011]108號規定，2012年3月1日（含）之后的首次公開發行新上市公司應向證券登記結算公司提供個人限售股股東成本原值資料。
成本原值資料報送時間。新上市公司在向證券登記結算公司申請辦理股份初始登記時提供個人限售股股東成本原值資料。
成本原值資料報送內容。1.申報由個人限售股股東提供的有關限售股成本原值詳細資料。新上市公司提供的成本原值資料和鑒證報告中應包括但不限于以下內容：證券持有人名稱、有效身份證照號碼、證券賬戶號碼、新上市公司全稱、持有新上市公司限售股數量、持有新上市公司限售股每股成本原值等。2.有關限售股成本原值必須經中介機構鑒證。除以上資料外上市公司還應申報會計師事務所或稅務師事務所對該資料出具的鑒證報告，以證明其真實可靠。
證券登記結算公司及時將成本原值資料植入證券結算系統。證券登記結算公司收到新上市公司提供的相關資料后，應及時將有關成本原值數據植入證券結算系統。以便于限售股轉讓時證券機構按事先植入結算系統的限售股成本原值和發生的合理稅費，計算財產轉讓所得。
按實計算扣繳限售股轉讓個人所得稅方便快捷而又精確
財稅[2009]167號規定，證券機構技術和制度準備完成后新上市公司的限售股，按照證券機構事先植入結算系統的限售股成本原值和發生的合理稅費，以實際轉讓收入減去原值和合理稅費后的余額，適用20%稅率，計算直接扣繳個人所得稅額。限售股轉讓收入，是指轉讓限售股股票實際取得的收入。限售股原值，是指限售股買入時的買入價及按照規定繳納的有關費用。合理稅費是指轉讓限售股過程中發生的印花稅、傭金、過戶費等與交易相關的稅費。即：
應納稅所得額＝限售股轉讓收入－（限售股原值+合理稅費）
應納稅額=應納稅所得額×20%
證券機構技術和制度準備完成前形成的限售股，其轉讓所得應繳納的個人所得稅，采取證券機構預扣預繳和納稅人自行申報清算相結合的方式征收。證券機構技術和制度準備完成后形成的限售股扣繳稅款是納稅人實際的應繳稅款，不存在清算問題。與“老股”的“核定（預扣）加清算”處理方式比較方便快捷而又精確。
不按規定辦理限售股轉讓自行申報的，證券登記結算公司不予辦理過戶
有些限售股轉讓不通過證券機構結算系統結算，證券機構無法扣繳限售股轉讓個人所得稅，納稅人仍須自行申報。《關于個人轉讓上市公司限售股所得征收個人所得稅有關問題的補充通知》（財稅[2010]70號）規定的限售股轉讓個稅須自行申報的情形如下：
1.個人協議轉讓限售股；
2.個人持有的限售股被司法扣劃；
3.個人因依法繼承或家庭財產分割讓渡限售股所有權。
4.個人用限售股償還上市公司股權分置改革中由大股東代其向流通股股東支付的對價。
對采取自行納稅申報方式的納稅人，納稅人應持完稅憑證、《限售股轉讓所得個人所得稅清算申報表》復印件到證券登記結算公司辦理限售股過戶手續。納稅人未提供完稅憑證和《限售股轉讓所得個人所得稅清算申報表》復印件的，證券登記結算公司不予辦理過戶。須要注意的是，如果上述納稅人不需要納稅或應納稅額為零的，納稅人應持經主管稅務機關審核確認并加蓋受理印章的《限售股轉讓所得個人所得稅清算申報表》原件辦理過戶，而不是復印件。對于個人持有的新上市公司未解禁限售股被司法扣劃至其他個人證券賬戶，如國家有權機關要求強制執行但未能提供完稅憑證等材料，證券登記結算公司在履行告知義務后予以協助執行，并報告相關主管稅務機關。
計稅依據的特殊規定
按照財稅[2011]108號以及[2009]167號和財稅[2011]108號對計稅依據的特殊規定整理如下：
1.個人取得的限售股有不同成本的處理。
新上市公司每位持有限售股的個人股東應僅申報一個成本原值。個人取得的限售股有不同成本的，應對所持限售股以每次取得股份數量為權重進行成本加權平均以計算出每股的成本原值，即：
分次取得限售股的加權平均成本＝（第一次取得限售股的每股成本原值×第一次取得限售股的股份數量+……+第n次取得限售股的每股成本原值×第n次取得限售股的股份數量）÷累計取得限售股的股份數量
2.無有關成本原值資料和鑒證報告或者成本原值資料不全的處理。
如果納稅人未能提供完整、真實的限售股原值憑證的，不能準確計算限售股原值的，主管稅務機關一律按限售股轉讓收入的15%核定限售股原值及合理稅費。因個人持有限售股中存在部分限售股成本原值不明確，導致無法準確計算全部限售股成本原值的，證券登記結算公司一律以實際轉讓收入的15％作為限售股成本原值和合理稅費。
新上市公司在申請辦理股份初始登記時，逾期未提供或者確實無法提供有關成本原值資料和鑒證報告的，證券登記結算公司在完成股份初始登記后，將不再接受新上市公司申報有關成本原值資料和鑒證報告，并按規定以實際轉讓收入的15%核定限售股成本原值和合理稅費。
個人持有的新上市公司未解禁限售股被司法扣劃至其他個人證券賬戶，如國家相關機關要求強制執行但未能提供完稅憑證等材料，在受讓方轉讓該限售股時，以其實際轉讓收入的15%核定其轉讓限售股的成本原值和合理稅費。
3.證券交易所集中交易轉讓限售股計稅依據的特殊規定
轉讓收入通過認購ETF份額方式轉讓限售股的，以股份過戶日的前一交易日該股份收盤價計算，通過申購ETF份額方式轉讓限售股的，以申購日的前一交易日該股份收盤價計算；個人用限售股接受要約收購，轉讓收入以要約收購的價格計算；個人行使現金選擇權將限售股轉讓給提供現金選擇權的第三方，轉讓收入以實際行權價格計算。
4.非交易過戶方式轉讓限售股計稅依據的特殊規定。
個人協議轉讓限售股，轉讓收入按照實際轉讓收入計算，轉讓價格明顯偏低且無正當理由的，主管稅務機關可以依據協議簽訂日的前一交易日該股收盤價或其它合理方式核定其轉讓收入；個人持有的限售股被司法扣劃，轉讓收入以司法執行日的前一交易日該股收盤價計算；個人因依法繼承或家庭財產分割讓渡限售股所有權，轉讓收入以轉讓方取得該股時支付的成本計算；個人用限售股償還上市公司股權分置改革中由大股東代其向流通股股東支付的對價，轉讓收入以轉讓方取得該股時支付的成本計算。
須要注意的是，個人因依法繼承或家庭財產分割讓渡限售股所有權和個人用限售股償還上市公司股權分置改革中由大股東代其向流通股股東支付的對價時發生的限售股轉讓，轉讓收入以轉讓方取得該股時支付的成本計算。也就是說轉讓收入和轉讓方取得該股時支付的成本相等，應繳納個人所得稅金額為0.但需按規定辦理納稅申報。
5.非交易過戶方式取得限售股再轉讓。
根據《證券非交易過戶業務實施細則》的規定，非交易過戶包括依法院判決、裁定的因繼承、贈與、財產分割、法人資格喪失等情形而發生的股票（證券）的所有權變更。《中國證券登記結算有限責任公司證券登記規則》規定，非交易過戶登記包括：股份協議轉讓；司法扣劃；行政劃撥；繼承、捐贈、依法進行的財產分割；法人合并、分立，或因解散、破產、被依法責令關閉等原因喪失法人資格；上市公司的收購；上市公司回購股份；上市公司實施股權激勵計劃；相關法律、行政法規、中國證監會規章及本公司業務規則規定的其他情形。
非交易過戶方式取得限售股再轉讓，如果該限售股前一持有人為個人所得稅納稅人，則再轉讓成本原值按照前一持有人轉讓該限售股時的轉讓價格及受讓人支付的合理稅費進行確定。具體為：個人轉讓因協議受讓取得未解禁限售股的，成本按照主管稅務機關認可的協議受讓價格核定；個人持有的限售股被司法扣劃，受讓人成本按照司法扣劃價格核定，即司法執行日的前一交易日該股收盤價計算核定；個人因依法繼承或家庭財產分割讓渡限售股所有權和個人用限售股償還上市公司股權分置改革中由大股東代其向流通股股東支付的對價取得的限售股，受讓人成本按照該限售股前一持有人取得該股時實際成本及稅費計算。須要注意的是，非交易過戶方式取得限售股，如果該限售股前一持有人為個人所得稅納稅人，再轉讓申報納稅時，應當提供相關成本資料。個人在證券登記結算公司以非交易過戶方式辦理應納稅未解禁限售股過戶登記的，受讓方所取得限售股的成本原值按照轉讓方完稅憑證、《限售股轉讓所得個人所得稅清算申報表》等材料確定的轉讓價格進行確定。
如轉讓方證券賬戶為機構賬戶，由于機構是企業所得稅納稅人，無法提供轉讓方完稅憑證、《限售股轉讓所得個人所得稅清算申報表》等材料，因此，在受讓方再次轉讓該限售股時，以受讓方實際轉讓收入的15%核定其轉讓限售股的成本原值和合理稅費。
