1、保本與不保本如何界定？
財稅（2016）140號明確了“保本收益”繳稅，“非保本收益”不繳稅的原則。但是，如何界定金融產品的投資收益是保本還是非保本呢，這在稅收征管實踐中存在很大的爭議。雖然在文件中定義了保本，即合同中明確承諾到期本金可全部收回的投資收益。但在實踐中，是否只看形式，而不關注實質呢？中基協在《關于證券投資基金增值稅核算估值的相關建議》中表明，若合同中未明確承諾期本金可全部收回，則不認為是“保本”，無需再實質判斷內容。
但從目前各地稅局口徑看，并非如此。主流觀點仍要從業務實質考量是否保本。一些增信措施，如約定分配次序、差額補足、劣后安排等可能具備了保本的實質。這在實踐中存在很大的不確定性，尤其是各地稅局口徑不同，同一業務，增值稅待遇不同，造成事實上的不公平。
2、基金申贖與持有至到期如何界定？
基金申購贖回，其交易對象是固定的，屬于投資者和基金公司之間的固定關系，而基金買賣是投資者與其他交易對手之間的基金份額轉讓行為。因此，基金申購贖回是否屬于持有至到期就成了一個很實際的問題，關系到是否需要繳納增值稅。
中基協在《關于證券投資基金增值稅核算估值的相關建議》中表明轉讓指的是所有權的轉移，而贖回則是所有權的滅失，因此贖回應該不算轉讓，贖回基金獲得的差價收入，應該免征。
3、新三板股份是否屬于金融商品？
《國務院關于全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》（國發〔2013〕49號）規定，市場建設中涉及稅收政策的，原則上比照上市公司投資者的稅收政策處理。因此，江西、福建稅局將新三板視為金融商品。《全國中小企業股份轉讓系統有限責任公司管理暫行辦法》（中國證券監督管理委員會令第89號）規定，全國中小企業股份轉讓系統是經國務院批準設立的全國性證券交易場所，股票在全國股份轉讓系統掛牌的公司為非上市公眾公司。而廈門稅局視為股權，其轉讓不征增值稅。
雖然總局在非正式答復四川梓潼縣地稅局中，表明了暫不征收個人所得稅態度，但畢竟沒有正式的政策依據，這個尚需等待正式文件加以明確。
4、信托受益權是否屬于金融商品？
信托收益權轉讓業務是指信托計劃的受益人，將持有信托計劃的未來收益權轉讓給第三方，而不轉讓信托計劃的份額。第三方取得信托收益權后，相應的持有期間的信托收益歸屬于第三方。
金融商品轉讓是指轉讓外匯、有價證券、非貨物期貨和其他金融商品所有權的業務活動。其他金融商品包括基金、信托、理財產品等各類資產管理產品和各種金融衍生品。信托計劃凈值化后可以進行份額的轉讓，沒有凈值化的則可以轉讓收益權，因此，有觀點認為收益權的轉讓實質屬于轉讓其他金融商品，需要繳納增值稅。
5、同業免稅如何適用？
財稅[2016]46號及財稅[2016]70號規定，質押式和買斷式買入返售金融商品取得的利息收入屬于金融同業往來利息收入，享受增值稅免稅政策。但是交易所市場進行的買入返售交易，無法識別交易對手的身份，不能確定對方一定是金融機構，如果全部按照同業往來免稅處理則存在風險。資管產品管理人也面臨這個問題，而且，管理人與金融機構在范圍上并不完全相同，主體差異導致應稅還是免稅，對業務影響較大。
6、私募基金是否享受免稅待遇？
財稅【2016】36號文附件3第一條第（二十二）項，證券投資基金（封閉式證券投資基金，開放式證券投資基金）管理人運用基金買賣股票、債券的轉讓收入免征增值稅。但是問題來了，私募基金由于其特殊的組織形式，與公募基金能否享受相同待遇呢？主流觀點認為私募不能享受免稅待遇，但是從公平性上似乎有待商榷。
7、債券利息納稅義務發生時間如何界定？
財稅【2016】36號文附件一：第四十五條增值稅納稅義務、扣繳義務發生時間為：
（一）納稅人發生應稅行為并收訖銷售款項或者取得索取銷售款項憑據的當天；先開具發票的，為開具發票的當天。
收訖銷售款項，是指納稅人銷售服務、無形資產、不動產過程中或者完成后收到款項。
取得索取銷售款項憑據的當天，是指書面合同確定的付款日期；未簽訂書面合同或者書面合同未確定付款日期的，為服務、無形資產轉讓完成的當天或者不動產權屬變更的當天。
采用攤余成本核算的資管產品利息如何計稅？每日計算增值稅銷項稅時，計算基數是否包含每日攤銷的債券溢折價，利息是按照收付實現制還是權責發生制進行計稅判定。
小結
盡管羅列了一些不確定問題，但在實踐中，仍然存在較多的增值稅問題，這需要行業和稅局共同努力，交流協調，盡量降低實際業務中的不確定性，減少稅收風險。
