該通知稱，為理順鐵路運輸企業稅收收入劃分，妥善處理地區間利益分配關系，從2012年1月1日起，鐵道部集中繳納的鐵路運輸企業營業稅（不含鐵路建設基金營業稅）、城市維護建設稅、教育費附加由中央收入調整為地方收入，鐵道部集中繳納的鐵路建設基金營業稅仍作為中央收入；鐵道部集中繳納的鐵路運輸企業所得稅（含中鐵快運股份有限公司繳納的企業所得稅）由中央與地方按照60:40的比例實行分享。
對于現有19條跨省合資鐵路，上述通知明確企業繳納的營業稅、城市維護建設稅、教育費附加為地方收入，企業所得稅由中央與地方按照60:40的比例實行分享。
爭議較大的就是建筑安裝業。中國社科院財貿所研究員張斌認為，建筑安裝業目前不動產在生產環節不能抵扣，要不要把不動產納入抵扣范圍等問題需要考量。
王駿則擔心地方利益的阻力會比較大。當前建筑業繳納營業稅是按照勞務發生地納稅，但增值稅卻要求在機構所在地納稅，這樣一來，以建筑業馳名的江蘇南通自然非常高興，但他們的重要勞務發生地北京、上海等可能不會接受。
另一個擔心則是稅負可能會加重。王駿指出，建筑安裝企業很多達不到增值稅一般納稅人的要求，沙石土料等很難拿到增值稅抵扣發票，而根據財政部的文件，建筑業營業稅改征增值稅后將施行11%的稅率，而其營業稅率僅為3%，因此很多企業主擔心稅負會不降反升。
在18日的座談會上，上海市政府負責人稱，今年通過“營改增”試點，共減輕試點企業和下游企業稅負170多億元，參與試點的小規模納稅人全部實現了減負，減稅幅度平均達到40%。
這些情況顯然不包括物流企業的境遇。和訊網從上海一家大型物流公司了解到的情況是，營業稅改征增值稅后，該公司稅收負擔增加了90%以上，個別月份甚至在95%以上。
在物流企業成本構成中，油費約占30%、過路過橋費約40%、人力成本約30%，而人力成本、路橋費、房屋租金、保險費均不能抵扣，一些加油站也不能提供增值稅發票。“從加油站開增值稅發票需要公司營業執照、稅務登記證、單位介紹信、身份證明等證件，而我們在全國各地有5000多輛車，根本沒辦法給每名司機帶上這些材料。”該公司有關負責人告訴和訊網。
為應對這種狀況，上海市財政局今年2月下發《關于實施營業稅改征增值稅試點過渡性財政扶持政策的通知》，對稅負增加的試點企業進行財政扶持。
“財政補貼我們確實拿到了，但只有稅負增加額的70%左右，算下來此次試點還是給我們增加了30%的稅收負擔。”上述負責人說。
一個潛在的風險是，如果大量建筑安裝企業也需要補貼，上海市還有沒有能力拿出更多財政資金進行補貼？如果上海都沒有能力，經濟欠發達省份的企業恐怕就更無法指望了。
“要從根本上解決企業稅負不降反升的問題，必須進一步改善制度。”上述負責人告訴和訊網。
