按照《國家稅務總局關于印發〈企業所得稅匯算清繳管理辦法〉的通知》（國稅發[2009]79號）第三條及《企業所得稅核定征收辦法（試行）》（國稅發[2008]30號）第十三條規定，實行按收入總額核定應稅所得率征收所得稅的納稅人年度終了后也要對全年的應納所得稅進行匯算清繳，匯算清繳期為年度終了后的5個月內。 匯算清繳的目的，一是按上一年度應納稅額的1/12或1/4預繳的納稅人年終需要匯算清繳；二是在稅法沒有明確之前，按收入總額核定征收所得稅納稅人的“收入總額”范圍應當與核實征收企業所得稅納稅人一致，需要在年度匯算時進行歸集；三是“不征稅收入”和“免稅收入”包含的項目比較多，需要在年度匯算清繳時進行確認調整；四是納稅人的主營業務項目發生變化、或者實際應納稅所得額與按核定應稅所得率計算的應納稅所得額增減變化超過稅法規定幅度時也需要申報調整上年度已確定的應稅所得率。具體匯算的內容與方法如下。
收入總額的確定
按照《國家稅務總局關于企業所得稅核定征收若干問題的通知》（國稅函[2009]377號）第二條規定，按收入定率征收所得稅的納稅人其“應稅收入額”等于收入總額減去不征稅收入和免稅收入后的余額，用公式表示為：應稅收入額＝收入總額－不征稅收入－免稅收入，其中，收入總額為企業以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入。《中華人民共和國企業所得稅法》第六條、第七條、第二十六條以及《國家稅務總局關于發布〈中華人民共和國企業所得稅月（季度）度預繳納稅申報表〉等報表的公告》（國家稅務總局公告2011年第64號）中的《〈中華人民共和國企業所得稅月（季度）度和年度納稅申報表（B類）〉填報說明》分別明確：企業所得稅的“收入總額”除賬面核算的主營業務收入、其他業務收入、公允價值變動凈收益、投資收益和營業外收入外，還應當按照稅法規定對其不征稅收入、免稅收入、減計收入、視同銷售收入、接受捐贈收入、利息收入、重組業務收入、扣折讓收入、確認遞延收益的政府補助、境外所得、稅法特別規定的非依照權責發生制確認的收入、符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益、公允價值變動凈收益、逾期未退包裝物押金收入、確實無法償付的應付款項、已作壞賬損失處理后又收回的應收款項等進行調整等。“不征稅收入”指財政撥款、依法收取并納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金以及國務院規定的其他不征稅收入。“免稅收入”指記入收入總額但屬于稅收規定免稅的收入或收益，包括：國債利息收入、符合條件的居民企業之間的股息（紅利）等權益性投資收益、在中國境內設立機構（場所）的非居民企業從居民企業取得與該機構（場所）有實際聯系的股息（紅利）等權益性投資收益以及符合條件的非營利組織的收入等。因此，在稅法沒有對核定征收所得稅納稅人的“收入總額”、“不征稅收入”、“免稅收入”的范圍作出特別規定前，其包括的范圍應當與核實征收企業所得稅納稅人一致。那么，調整的項目、調整的方法和口徑也應當與核實征收所得稅的納稅人一致，也就是說，實行按收入定率征收所得稅的納稅人，年度匯算清繳時其“應稅收入額”并不等于就是“主營業務收入”額。 例如：某企業因成本、費用核算資料殘缺不全，2011年度經主管稅務批準按“應稅收入額”核定征收企業所得稅，核定定率為15%，已預繳企業所得稅7.5萬元，該企業按《小企業會計制度》進行會計核算，2011年1~12月，賬面核算主營業務收入200萬元，其他業務收入40萬元，公允價值變動凈收益5萬元，投資收益10萬元，營業外收入3萬元，其中：在主營業務收入中有不征稅收入10萬元，免稅收入30萬元；另外，按照稅法規定，視同銷售應調增收入18萬元，接受捐贈直接記入“資本公積”科目應調增收入20萬元，利息收入直接沖減“財務費用”應調增收入5萬元，不符合稅收規定的銷售折扣和折讓應調增收入2萬元，按產品和服務完工進度確認應調增收入15萬元，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益應調減收入10萬元，公允價值變動凈收益應調減收入5萬元，逾期未退包裝物押金收入、確實無法償付的應付款項、已作壞賬損失處理后又收回的應收款項等調增收入7萬元，即：依照稅法規定按賬面核算資料確認“應稅收入額”200－（10＋30）＋40＋5＋10＋3＝218（萬元），按非賬面核算資料調增“應稅收入額”18＋20＋5＋2＋15－10－5＋7＝52（萬元），合計在匯算清繳時應申報“應稅收入額”218＋52＝270（萬元），匯算清繳應補繳企業所得稅270×15%×25%－7.5＝2.625（萬元）。 不過，按照現行所得稅政策規定，實行收入定率征收所得稅納稅人，對不征稅收入、免稅收入亦應與應稅收入分別核算，沒分別核算或者不能準確核算的，其不征稅收入和免稅收入不能在計征所得稅時從“收入總額”中減除。 確定實際所得率是否需要申報調整
按照國稅發[2008]30號文件第七條、第九條規定，實行應稅所得率方式核定征收企業所得稅的納稅人，經營多業的，無論其經營項目是否單獨核算，均由稅務機關根據其主營項目（所有經營項目中，收入總額所占比重最大的項目）確定適用的應稅所得率；納稅人的生產經營范圍、主營業務發生重大變化，或者應納稅所得額或應納稅額增減變化達到20％的，應及時向稅務機關申報調整已確定的應稅所得率。而且在第十一條中還規定，稅務機關應在每年6月底前對上年度實行核定征收企業所得稅的納稅人進行重新鑒定。因此，實行按收入定率征收所得稅的納稅人，在年度匯算清繳的時應當同時對主營項目和實際應納稅所得額與按核定的定率計算的應納稅所得額增減變化達到20％時，應當主動向主管稅務機關申請重新核定應稅所得率。
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