適用稅率和計稅基數(shù)變化。“營改增”試點前，營業(yè)稅以營業(yè)額為計稅基數(shù)計算應繳營業(yè)稅。“營改增”實施后，按相應的增值稅稅率或征收率計算應繳增值稅。應繳增值稅是按照銷項稅額減進項稅額來計算。增值稅的計稅基數(shù)無論是一般納稅人的銷項稅額和進項稅額，還是小規(guī)模納稅人都按不含稅價計算。企業(yè)需重新建立應繳稅金核算賬目，按增值稅計算方法核算應繳稅金，填制增值稅納稅申報表申報納稅。 對定價機制將產(chǎn)生影響。例如，某交通運輸業(yè)一項運輸業(yè)務收費為100元，試點前扣除3%的營業(yè)稅（暫不考慮其他附加稅費）后凈收入為97元。“營改增”后，如果定價仍為100元（含稅價），增值稅稅率為11%，企業(yè)所得的凈收入只有90.09元（100÷1.11%）。因此，“營改增”對企業(yè)定價機制將產(chǎn)生一定的影響，企業(yè)需對定價機制做相應調(diào)整。 對財務核算將產(chǎn)生影響。試點前，主營業(yè)務收入反映含營業(yè)稅的銷售收入，試點后主營業(yè)務收入反映的是不含增值稅的銷售收入，即使實際稅負變化不大，凈收益絕對額不受影響，企業(yè)的利潤率（利潤÷主營業(yè)務收入）也會上升。此外，增值稅不反映在損益表中，在賬務處理上也與現(xiàn)行營業(yè)稅不同，都會影響企業(yè)財務報表的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。企業(yè)在進行核算分析、經(jīng)營決策時，需重新審視其毛利率、凈利潤率等指標。
對發(fā)票使用管理將產(chǎn)生影響。增值稅專用發(fā)票相比營業(yè)稅服務業(yè)普通發(fā)票而言，管理與違法處罰的力度更大，因為其直接影響到企業(yè)對外提供服務產(chǎn)生的銷項稅額和對方的進項稅額，進而影響購銷雙方的應納稅額。我國刑法對增值稅專用發(fā)票的虛開、偽造、非法出售與違規(guī)使用行為都做了專門的處罰規(guī)定。
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