有限合伙制度源于英美法系，是由普通合伙人和有限合伙人共同組成的組織形式。有限合伙因為具有良好的激勵制度、靈活的組織架構、高效的運作模式和較低的運營成本而成為PE的最佳組織模式。在實踐中，作為自然人該如何繳納個人所得稅，尤其是產生股權轉讓所得時如何繳納個人所得稅成為眾多投資者關注的焦點。本文華稅結合自身多年辦案經驗就地方出臺招商引資稅收優惠政策前提下有限合伙個人所得稅繳納的相關問題進行探討，以明晰相關主體的權利（力）義務及納稅人權利救濟的問題。
一、有限合伙自然人投資者個人所得稅政策匯總
2006年，新《合伙企業法》正式實行，首次確立有限合伙制度，以風險投資為主營范圍的有限合伙企業如雨后春筍般茁壯發展，相關的稅收制度也順勢而出。
《財政部國家稅務總局關于合伙企業合伙人所得稅問題的通知》（財稅[2008]159號）規定：合伙企業以每一個合伙人為納稅義務人。合伙企業合伙人是自然人的，繳納個人所得稅；合伙人是法人和其他組織的，繳納企業所得稅。財稅[2008]159號文首次確定了合伙企業所得稅“先分后稅”的原則。
《財政部國家稅務總局關于<關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定>的通知》（財稅[2000]91號）規定：個人獨資企業和合伙企業每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5％—35％的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。
同時，《國家稅務總局關于〈個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定〉執行口徑的通知》（國稅函[2001]84號）第二條規定，個人獨資企業和合伙企業對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入企業的收入，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。
按照《個人所得稅法》的規定，“利息、股息、紅利所得”適用20%的個人所得稅率。由此可以發現，在國家立法層面，針對有限合伙自然人投資者從合伙企業取得的投資收益存在兩種政策規定，要么比照“個體工商戶的生產經營所得”征收5%-35%的個人所得稅，要么比照“利息、股息、紅利所得”征收20%的個人所得稅。
二、不同地區現行適用政策比較
有限合伙企業的合伙人可能來自不同地區，雖然合伙企業本身不繳納所得稅，而是所有合伙人按照“先分后稅”的原則，各自獨立計算其應繳納的所得稅，而有限合伙企業取得投資收益后所有合伙人卻并不能回到合伙人住所去繳納所得稅，其法定納稅地點為合伙企業實際經營管理地，即合伙企業注冊所在地。因為要在合伙企業注冊所在地納稅，所以注冊地不同，稅收政策也有不同。
（一）適用稅率不同
北京：合伙制股權基金中個人合伙取得的收益，按照“利息、股息、紅利所得”或者“財產轉讓所得”項目征收個人所得稅，稅率為20%。
上海：執行合伙事務的自然人普通合伙人，按“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%-35%稅率；不執行合伙事務的自然人有限合伙人，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目，適用20%稅率。
天津：自然人為有限合伙人，按“利息、股息、紅利所得”項目征收個人所得稅，稅率為20%；自然人普通合伙人，既執行合伙業務又為基金的出資人的，取得所得能劃分清楚時，對其中的投資收益所或股權轉讓收益部分，稅率適用20%。
重慶：不執行企業合伙事務的自然人有限合伙人，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目，適用20%的稅率。
深圳：不執行企業合伙事務的自然人有限合伙人，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目，適用20%的稅率。
杭州：執行合伙事務的自然人普通合伙人，按“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%-35%稅率；不執行合伙事務的自然人有限合伙人，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目，適用20%稅率。
新疆：合伙制股權投資類企業的合伙人為自然人的，合伙人的投資收益，按照“利息、股息、紅利所得”或者“財產轉讓所得”項目征收個人所得稅，稅率為20%。
（二）征收方式不同
部分地區為了吸引有限合伙企業投資，規定個人獨資企業或者合伙企業的個人投資者繳納個人所得稅可以申請核定征收，綜合稅率普遍低于5%，稅負極低。
三、適用地方稅收優惠政策的合法性分析
（一）稅收法定原則的適用
在新《合伙企業法》實施前，財稅[2000]91號規定，生產經營所得比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5％—35％的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。同時，針對股息、紅利所得，國稅函[2001]84號文特殊列舉出來，不屬于合伙企業的生產經營所得，按“利息、股息、紅利所得”項目計算個人所得稅，適用20%的稅率。
然而隨著新《合伙企業法》的實施，以股權投資作為唯一經營模式的有限合伙形式的出現，自然人股息、紅利所得如何征收個人所得稅存在兩種政策可以適用，便出現了較為混亂的局面。正因為在國家立法層面沒有明確股息、紅利所得個人所得稅的適用政策，導致各地在執行層面出現了諸多差異，低稅率的稅收洼地也成為高利潤企業集聚的地區。
根據《立法法》第八條第六項的規定，稅種的設立、稅率的確定和稅收征收管理等稅收基本制度只能制定法律。這是稅收法定原則的直接體現。稅收法定原則本身包括“稅率法定原則”，稅率作為稅種的一個基本要素，與稅種一樣都需要制定法律。因此，地方政府出臺的有限合伙稅收政策超出了其權力范圍，存在違法風險。
（二）查賬征收or核定征收？
查賬征收和核定征收是兩種不同的稅款征收方式，通常是針對企業所得稅而言。查賬征收適用于賬簿、憑證、財務核算制度比較健全，能夠據以如實核算，反映生產經營成果，正確計算應納稅款的納稅人。而對于賬簿不健全，無法據實核算成本的納稅人，可以采取核定征收的方式。《中華人民共和國稅收征收管理辦法》第三十五條規定，納稅人有下列情形之一的，稅務機關有權核定其應納稅額：
（一）依照法律、行政法規的規定可以不設置帳簿的；
（二）依照法律、行政法規的規定應當設置帳簿但未設置的；
（三）擅自銷毀帳簿或者拒不提供納稅資料的；
（四）雖設置帳簿，但帳目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查帳的；
（五）發生納稅義務，未按照規定的期限辦理納稅申報，經稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的；
（六）納稅人申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。
因此，對于存在上述情形的納稅人稅務機關有權核定征收。但需要注意的是，上述情形都是結果性條件，即在納稅人發生納稅義務、進行納稅申報時，稅務機關發現上述情形的，可以適用核定征收。而部分地區在企業未設立時即承諾核定征收個稅的行為顯然超出了稅務機關的職權范圍，對于此種違法違規行為，若稅務機關通過其他行政行為糾正核定征收的決定，或者拒不履行核定征收的承諾，則納稅人的權益將很難保障。
四、自然人投資者權利救濟途徑
（一）具體行政行為一經作出，不得隨意變更
根據行政法理論，具體行政行為一經作出，即具有公定力、存續力、拘束力以及執行力。其中，存續力可分為形式存續力和實質存續力，形式存續力是指行政行為如不能再以通常之救濟途徑，加以變更或撤銷，該行政行為即具有形式的存續力，亦稱為不可撤銷性或不可爭力。實質存續力是指行政行為一經作出，所有當事人包括作出該行為的行政機關均受該行為規制內容的限制，行政機關只有在具備一定要件的情況下，始得撤銷或廢止該行政行為。意即行政行為一經確定，行政機關雖然在法理上仍有權將其予以撤銷或廢止，但行政機關行使這種撤銷或廢止權時必須具備法定要件，而并非毫無限制。
（二）行政機關應該遵守信賴利益保護原則
信賴利益保護原則所傳達的意旨正是，行政相對人基于對行政機關的信賴而取得利益應受保護，而不能被隨意剝奪。依據信賴利益保護原則，行政機關對自己的行為或承諾應誠實守信，不得隨意變更。對行政相對人的授益性行政行為作出后，即使發現違法或對政府不利，只要行為不是因為相對人過錯造成的，不得撤銷、廢止或改變；行政行為作出后發現有較嚴重違法情形可能給社會公共利益造成損失，必須撤銷或改變的，行政機關對撤銷或改變此種行為給無過錯的相對人造成的損失應當給予補償。因此，可以說，信賴利益保護是行政行為實質存續力的理論根據，而實質存續力的制度化又是對信賴利益保護的落實和保障。
對于納稅人而言，若與地方政府就稅收事項達成協議，簽署相關文件，可視為行政主體就該事項作出了行政允諾行為。最高人民法院《關于規范行政案件案由的通知》（法發[2004]2號）已將行政允諾看作行政行為的一種，規定了具體的行政訴訟案由。因此，地方政府對其與企業達成的稅收優惠內容，不得隨意變更。若行政機關不履行行政允諾事項，納稅人可據此提起行政訴訟，維護自身利益。
