公告適用的主體和所得類型
16號公告明確，該公告只適用于在港、澳受雇或在內地與港、澳間雙重受雇的港澳稅收居民。因此，在適用主體上，需要把握兩個要點：一是該公告只適用于港、澳稅收居民。根據《國家稅務總局關于〈內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排〉有關條文解釋和執行問題的通知》（國稅函〔2007〕403號），臨時工作或居住于香港的個人雖然構成了香港的稅收居民，但并不能享受兩地《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》及16號公告的優惠政策。二是該公告只適用于在港、澳受雇或在港、澳和內地雙重受雇的情況，不適用于僅在內地任職受雇的港、澳稅收居民。僅在內地任職受雇的港、澳稅收居民仍應按原規定執行。
在適用的所得類型上，16號公告僅適用于稅收安排的“受雇所得”，也就是內地個人所得稅法通常所稱的“工資、薪金所得”。
對工資、薪金所得的計稅方法
（一）“境內實際停留天數”的含義。
16號公告列出的兩個公式，（一）港澳稅收居民在內地從事相關活動取得所得，應僅就歸屬于內地工作期間的所得，在內地繳納個人所得稅。計算公式為：應納稅額=（當期境內外工資薪金應納稅所得額×適用稅率-速算扣除數）×當期境內實際停留天數÷當期公歷天數。（二）港澳稅收居民在內地從事相關活動取得所得，根據《安排》受雇所得條款第二款的規定，可就符合條件部分在內地免予征稅；內地征稅部分的計算公式為：應納稅額=（當期境內外工資薪金應納稅所得額×適用稅率-速算扣除數）×（當期境內實際停留天數÷當期公歷天數）×（當期境內支付工資÷當期境內外支付工資總額）。
這兩個公式與此前《國家稅務總局關于在中國境內無住所的個人執行稅收協定和個人所得稅法若干問題的通知》（國稅發〔2004〕97號）相關的兩個公式最大差異在于：16號公告將國稅發〔2004〕97號文件公式中的分子由“境內工作天數”修改為“境內實際停留天數”。之所以如此，是因為內地采用“境內工作天數”、香港采用“境內實際停留天數”來劃分應在本地繳納的稅額，而二者計算口徑的差異，是導致跨境受雇所得雙重征稅的主要根源。
在計算16號公告中的“境內實際停留天數”時，需要注意兩點：一是對港、澳稅收居民入境、離境、往返或多次往返境內外的當日，應按照半天計算境內實際停留天數。這一計算口徑與《國家稅務總局關于在中國境內無住所的個人計算繳納個人所得稅若干具體問題的通知》（國稅函發〔1995〕125號）對“境內工作天數”的計算口徑是一致的。二是境內實際停留天數的計算不考慮港、澳稅收居民在內地的停留目的，只關注其在內地的實際停留時間。因此，即便港澳稅收居民在內地停留僅僅是為了休閑娛樂，而非工作，也要將其計入境內實際停留天數。
（二）公式的適用條件。
如前所述，16號公告列出的兩個公式，分別適用于在任何12個月內在內地停留連續或累計超過183天但不滿1年的港、澳稅收居民和在內地停留連續或累計不足183天的港、澳稅收居民。對于在境內停留超過1年但不滿5年的港、澳稅收居民，則不能適用16號公告的公式，而應適用國稅發〔2004〕97號文件第三條第三款公式，即：應納稅額=（當月境內外工資薪金應納稅所得額×適用稅率-速算扣除數）×（1-當月境外支付工資÷當月境內外支付工資總額×當月境外工作天數÷當月天數）。
值得一提的是：這里的“183天”是內地個人所得稅法的“居住天數”概念，而非16號公告的“境內實際停留天數”概念，更不是國稅函發〔1995〕125號文件的“境內工作天數”概念。在計算無住所個人在境內居住是否超過183天時，對其入境、離境、往返或多次往返的當日，均按一天計算。
跨期獎金的計稅方法
16號公告出臺之前，內地對無住所個人的獎金征稅遵循兩個原則：一是按照勞務發生地劃分所得的原則；二是按照工作月份數確定納稅義務的原則。這有可能造成對跨期獎金的重復征稅。例如：一位受雇于香港公司的雇員，同時在一家設于內地的代表處擔任首席代表，假設他每月有4天（即一年共計48個工作日）在香港工作并取得年度獎金共計人民幣60萬元。在16號公告出臺前，該雇員的跨期獎金可能會被雙重征稅。
為了解決這一問題，16號公告把對港澳稅收居民的跨期獎金由原來的“先分后稅”修改為“先稅后分”，并允許對跨期獎金按照境內外的實際停留天數劃分，從而達到消除重復征稅的目的。具體而言，可分為以下幾種情形。
（一）全年一次性獎金的計稅方法。
對港、澳稅收居民取得全年一次性獎金，應單獨作為一個月工資、薪金所得，按照《國家稅務總局關于調整個人取得全年一次性獎金等計算征收個人所得稅方法問題的通知》（國稅發〔2005〕9號），確定適用稅率和速算扣除數，計算出全部所得的個人所得稅額。根據港、澳稅收居民在有關納稅年度開始或終了的任何12個月中在內地停留連續或累計是否超過183天，選擇16號公告第一條規定的適用公式計算個人所得稅應納稅額。
（二）除全年一次性獎金以外其他名目獎金的計稅方法。
1.港、澳稅收居民取得除全年一次性獎金以外的其他各種名目獎金，如半年獎、季度獎、加班獎、先進獎、考勤獎等，如果該個人在我國境內具有納稅義務并且當月在我國工作時間滿一個月，一律與當月工資、薪金收入合并，按稅法規定繳納個人所得稅。
2.港、澳稅收居民取得除全年一次性獎金以外的其他各種名目獎金，如果該個人當月在我國境內沒有納稅義務，或者該個人由于出入境原因導致當月在我國工作時間不滿一個月的，可將獎金單獨作為一個月的工資、薪金所得計算納稅，對上述獎金不再減除費用，全額作為應納稅所得額直接按適用稅率計算應納稅款，但根據16號公告，可以按境內實際停留天數進行劃分計算。
享受16號公告優惠的管理程序
港澳稅收居民在每次按16號公告規定享受《稅收安排》相關待遇時，應該按照《非居民享受稅收協定待遇管理辦法（試行）》（國稅發〔2009〕124號）的有關規定，向主管稅務機關備案。備案的重要資料之一就是稅收居民身份證明。為簡化內地與香港納稅人享受安排待遇的手續，根據《國家稅務總局關于〈非居民享受稅收協定待遇管理辦法〉（試行）有關問題的補充通知》（國稅函〔2010〕290號），對于香港特區個人，主管稅務機關可以查閱其持有的身份證件、回鄉證和派出公司、企業或香港特區政府有關部門開具的證明進行判斷；確實無法判斷的，主管稅務機關應開具《關于請香港特別行政區稅務主管當局出具居民身份證明的函》，由納稅人據此向香港特區政府稅務局申請開具香港特區負有居民納稅義務證明，或將情況報送稅務總局審定。澳門特區個人身份證明的判定可參照上述規定處理。
執行時間
16號公告適用于自2012年6月1日起取得的工資、薪金所得，即以個人實際取得所得的時間為準，不以所得所屬期為準。
