由于這一政策本身的原因，導致一些地方的普通住宅和非普通住宅認定難，進行土地增值稅清算很難操作。即使是地稅機關嚴格執行土地增值稅的預征管理，先預征稅款，但相當一部分房地產開發項目在最終決算時，增值額占扣除項目金額的比例不超過20%，那么地稅機關面臨先預征后退稅的尷尬境地。另外，土地增值稅預征率太低。陜西省現行政策規定，對位于縣城地域的普通住宅按0.5%預征土地增值稅，非普通住宅按1%預征，營業性用房、別墅、寫字樓按2%預征，與房地產開發商應該承擔的稅負相差太大。
針對土地增值稅管理中存在的問題，筆者建議完善土地增值稅政策。對普通住宅的認定標準進行修改，將普通住宅認定標準“住宅小區建筑容積率在1.0以上，單套建筑面積在144平方米以下，實際成交價格低于同級別土地上住房平均交易價格1.44倍以下”，修改為“住宅小區建筑容積率在1.0以上，單套建筑面積在144平方米以下，實際成交價格比同級別土地上同期同類住房交易市場價格低20%以上”。
提高土地增值稅的預征率。建議由各省、市地稅機關在調查測算的基礎上，統一并且提高土地增值稅預征率，做到一個市或一個省對土地增值稅預征率的統一。全省或全市對房地產不同項目類型，確定不同的預征率，可對普通住宅項目執行2%的預征率，對非普通住宅項目可執行4%的預征率，對別墅、寫字樓、商業用房項目可執行6%的預征率。
改變現行土地增值稅先預征后清算的管理方式，實行定率征收。筆者建議，在現行土地增值稅政策暫不能修改完善的情況下，由各省、市地稅機關，改變現行的土地增值稅“先預征后清算”的管理方式。根據目前房地產市場行情，調查測算出不同類型的房地產開發項目應承擔的土地增值稅稅負水平，按照房地產企業的預（銷）售收入，對土地增值稅實行定率征收，一次征收到位，不再進行土地增值稅清算。此舉既操作簡單，又便于管理，土地增值稅也能征收到位。依據筆者的初步測算結果，建議對多層（8層以下）商品住宅（不再認定普通住宅和非普通住宅）執行5%的土地增值稅征收率，對高層（含小高層、高層）商品住宅（不再認定普通住宅和非普通住宅）執行10%的土地增值稅征收率，對別墅、寫字樓、營業性用房執行20%的土地增值稅征收率。
