根據國家的有關規定，《細則》第五條明確水利建設基金的征收期從2011年1月1日至2020年12月31日，而《細則》第三十三條明確《細則》的總體實施時間是從《細則》發文之日起施行。涉及到2011年1月1日至發文之日的水利建設基金應依法補征。
二、關于國稅部門和財政部駐廣西財政監察專員辦的代征范圍劃分問題
《細則》第八條第(四)項明確繳納增值稅的企業、事業單位和個體工商戶，其繳納的水利建設基金由國稅部門代為征收。《細則》第八條第(七)項規定駐桂中央國有企事業單位繳納的水利建設基金集中到其駐廣西主管部門統一申報，由財政部駐廣西財政監察專員辦事處(下稱“專員辦”)代為征收。為了避免重復征收，擬請專員辦定期核實，并向稅務部門提供駐桂中央國有企事業單位名單，以便稅務部門開展代征工作。
三、關于水利建設基金征收時限的掌握問題
《細則》第七條第(一)、(二)項以及第九條第(一)項明確按增值稅、營業稅期限征收的水利建設基金的標準為按當年銷售收入、營業收入或當年業務收入的千分之一。為方便執行，水利建設基金的征收期限可根據營業稅、增值稅的征收時限確定，即水利建設基金與營業稅、增值稅隨征。
四、關于繳納營業稅納稅人的水利建設基金的征收部門問題
《細則》第八條第(五)項規定：“繳納營業稅的非銀行金融機構、旅游、交通運輸、建筑安裝、文化體育、娛樂、飲食和其他服務等行業的企業和個體工商戶，其繳納的水利建設基金，由地稅部門負責代征”。不論《細則》列舉的行業是否與《中華人民共和國營業稅暫行條例》規定的稅目一致，凡是繳納營業稅的企業和達到營業稅起征點的個體工商戶，都要按照規定繳納水利建設基金，并統一由地稅部門代征。
五、關于農村個體工商戶和城鎮個體工商戶的征收劃分問題
《細則》第七條規定：對達起征點的農村個體工商戶按每戶每年50元征收；對達起征點的城鎮個體工商戶每戶每年100元征收。鑒于目前地稅部門稅務登記是按單位納稅人、個體經營、臨時等類型進行登記，無法區分農村和城鎮個體工商戶。為了便于地稅部門開展具體的征收工作，可按城市維護建設稅的征收標準以區分認定農村或城鎮個體工商戶，即按增值稅、消費稅、營業稅(以下簡稱“三稅”)稅額1%繳納城市維護建設稅的納稅人認定為農村個體工商戶，按“三稅”稅額5%和7%繳納城市維護建設稅的納稅人認定為城鎮個體工商戶。
六、關于既繳納增值稅又繳納營業稅的個體工商戶如何征收水利建設基金問題
(一)關于征收部門問題。
細則第八條第(六)項明確規定，“既繳納增值稅又繳納營業稅的企業和個體工商戶，其繳納的水利建設基金，分別由國稅部門和地稅部門負責按照繳納增值稅、營業稅的生產經營收入計算并代為征收”。為了簡化操作，提高效率，對于既繳納增值稅又繳納營業稅的個體工商戶，統一由國稅部門負責征收。
(二)關于征收標準問題。
按照細則第七條第(六)項規定執行，即對達到稅收起征點的農村個體工商戶按每戶每年50元征收；達到稅收起征點的城鎮個體工商戶按每戶每年100元征收。
七、關于水利建設基金滯納金的收取問題
對于納稅人不繳或少繳的水利建設基金，《細則》第二十八條明確規定，“征收機關有權追繳其少繳或不繳的部分”。但根據有關法律規定，征收機關不能對納稅人不繳或少繳的水利建設基金收取滯納金。
八、關于加強水利基金的征收管理問題
根據《細則》的規定，水利建設基金的征收機關為財政部門。地稅部門、國稅部門和專員辦作為代征機關，應當依照《細則》第二十八條、第二十九條等規定，認真總結過去在征收“防洪保安費”中取得的經驗，采取切實可行的措施，加強水利基金的征收管理。
九、關于代征過程中出現“多征”收入的處理問題
《細則》第三十條規定，對違反規定多征水利建設基金的單位和責任人應按規定追究責任。在代征過程中，稅務機關應當嚴格核實納稅人的申報情況，依法征收水利基金。對于納稅人計算錯誤、筆誤等非主觀故意的造成多征的收入，應按照有關規定，及時辦理更正或退庫手續。
十、關于銀行和保險公司中間業務收入的處理問題
按《細則》規定，銀行(含信用社)、保險公司的中間業務收入屬于營業稅征收范圍，可參照《細則》第七條規定，按其中間業務收入的0.6‰收取水利建設基金。對于保險公司免稅的保費收入部分，按照過去“防洪保安費”的做法，免征水利建設基金。
十一、關于國家專項儲備資金形成的收入處理問題
對于國家專項儲備資金形成的收入以及中儲糧等單位輪庫的糧食等拍賣收入，是國家政策性物資儲備收入。對這部分收入，凡國家明文規定不繳納流轉稅的，不征收水利建設基金。
十二、關于小額收入的征收期限問題
對于月發生額較小的單位，其水利建設基金的征收期限可由代征部門根據不同情況，靈活確定。
十三、關于系統內部不同企業的水利基金的征收問題
部分企業和部門提出，對同一系統內部的產供銷業務，如中石油等在廣西境內業務是否可按增值部分征收水利建設基金？根據《細則》規定，我區征收企業的水利建設基金的課費對象為銷售收入或營業收入，沒有采取按收入增值部分征收水利建設基金的辦法。對同一系統內部的不同企業，只要這些企業為獨立核算的法人，承擔獨立的納稅義務，即符合水利建設基金的征收條件，應當認定為水利建設基金的征收主體，應按照《細則》規定的標準征收水利建設基金。
十四、關于代征水利建設基金的技術保障問題
征收水利建設基金是一項涉及面廣、政策性強、業務量大的工作，需要較高的技術保障。自治區財政廳將組織有關部門對征收過程中存在的技術難題及時進行研究，采取可行措施，建立完善稅庫銀聯網系統，做好相關的技術保障，以減輕代征工作的難度，切實提高水利建設基金的征收效率。
十五、關于水利建設基金征收的組織實施問題
雖然我區“防洪保安費”的征收已有十多年的歷史，現行的水利建設基金是防洪保安費的延續。但由于水利建設基金的征收涉及廣大繳費人的切身利益，仍然需要廣大繳費人的理解、支持和配合。自治區水利建設基金征收工作領導小組將建立部門工作聯系機制，采取各種可行的措施，加強政策宣傳和發動，及時研究解決征收過程中出現的問題，組織、指導和協調好水利建設基金的征收管理工作。
相關法規——廣西壯族自治區國家稅務局關于代征水利建設基金的通知
