截至目前，我國(guó)企業(yè)所得稅匯總納稅政策的發(fā)展變化大體經(jīng)歷了三個(gè)階段。 第一個(gè)階段是2008年之前，執(zhí)行企業(yè)所得稅暫行條例時(shí)的匯總納稅政策。在這一階段，國(guó)家稅務(wù)總局先后于2001年、2002年以及2006年發(fā)布了《關(guān)于匯總（合并）納稅企業(yè)實(shí)行統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)交、集中清算所得稅問(wèn)題通知》（國(guó)稅發(fā)[2001]13號(hào)）、《關(guān)于匯總合納稅企業(yè)實(shí)行計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)交、集中清算所得稅問(wèn)題的補(bǔ)充通知》（國(guó)稅函[2002]226號(hào)）和《關(guān)于規(guī)范匯總合并繳納企業(yè)所得稅范圍的通知》（國(guó)稅函[2006]48號(hào)）三個(gè)文件。 這個(gè)階段匯總納稅政策的主要特征是，匯總納稅實(shí)行行政審批制度，并非任何企業(yè)都可以成為匯總納稅企業(yè)，并且匯總納稅范圍小，僅有5類(lèi)企業(yè)集團(tuán)可以執(zhí)行匯總納稅政策，主要是國(guó)有企業(yè)集團(tuán)和一些特殊行業(yè)的企業(yè)。
第二個(gè)階段是2008年執(zhí)行新企業(yè)所得稅法之后到2012年末的匯總納稅管理政策。自2008年起開(kāi)始執(zhí)行新的企業(yè)所得稅制度，企業(yè)所得稅法第五十條規(guī)定“居民企業(yè)在中國(guó)境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營(yíng)業(yè)機(jī)構(gòu)的，應(yīng)當(dāng)匯總計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅”。為了具體落實(shí)企業(yè)所得稅法中關(guān)于匯總納稅的規(guī)定，國(guó)家稅務(wù)總局先后發(fā)布了《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)）、《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函[2008]747號(hào)）和《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函[2009]221號(hào)）等三個(gè)文件。 和第一階段的匯總納稅政策相比，這一階段的匯總納稅政策最大特點(diǎn)是不再實(shí)行審批制，而是實(shí)行法定制，相關(guān)企業(yè)只要滿(mǎn)足企業(yè)所得稅法的基本規(guī)定，即可自動(dòng)采用匯總納稅的計(jì)稅方式，不再需要稅務(wù)機(jī)關(guān)的審批。 第三個(gè)階段是2013年1月1日之后的匯總納稅管理政策。為了解決第二個(gè)階段匯總納稅政策執(zhí)行過(guò)程中的諸多問(wèn)題，特別是匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)稅務(wù)檢查權(quán)不明確的問(wèn)題，2012年12月底，國(guó)家稅務(wù)總局發(fā)布《關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》（國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第57號(hào)），將第二階段匯總納稅政策的相關(guān)規(guī)范性文件作廢，重新發(fā)布了匯總納稅管理政策。這一階段的管理政策基本延續(xù)了第二階段的管理政策，僅在個(gè)別征納雙方意見(jiàn)比較大的政策點(diǎn)上重新進(jìn)行了明確和規(guī)定。 與第二階段的政策相比，第三階段的政策變化主要體現(xiàn)在以下兩個(gè)方面。一是根據(jù)第二階段政策，分支機(jī)構(gòu)不參加匯算清繳，補(bǔ)稅和退稅都與分支機(jī)構(gòu)無(wú)關(guān)，在第三階段，分支機(jī)構(gòu)參加匯算清繳，補(bǔ)稅額和退稅額分別按照稅款分?jǐn)偙壤诳倷C(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)之間進(jìn)行。二是明確了分支機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)可以單獨(dú)對(duì)該分支機(jī)構(gòu)進(jìn)行稅務(wù)檢查，查補(bǔ)的稅款50%由總機(jī)構(gòu)入庫(kù)，50%在查補(bǔ)出稅款的分支機(jī)構(gòu)所在地入庫(kù)。 匯總企業(yè)二級(jí)機(jī)構(gòu)認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)還需細(xì)化
匯總納稅企業(yè)需更規(guī)范稅務(wù)處理
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