1、防止產生滯留票。增值稅轉型后，一般納稅人購進機器設備等固定資產的進項稅額允許從銷項稅額中抵扣，而房屋、建筑物等不動產被排除在允許抵扣范圍之外。需要提醒納稅人關注的是，不管購進的固定資產能否抵扣進項稅額，均要求一般納稅人購進固定資產取得專用發票后必須到主管國稅機關進行認證，防止產生滯留票。
2、開具專用發票的時間。納稅人務必按規定的時限開具增值稅專用發票，不得提前或滯后，如采用預收貨款、托收承付、委托銀行收款結算方式的為貨物發出的當天;采用交款提貨結算方式的為收到貨款的當天;采用賒銷及分期付款結算方式的為合同約定的收款日期的當天;將貨物交付他人代銷的為收到委托人送交的代銷清單的當天;將貨物作為投資提供給其他單位或個體經營者的為貨物移送的當天;將貨物分配給股東的為貨物移送的當天。
3、使用期限。凡經認定為一般納稅人的企業，必須通過防偽稅控系統開具增值稅專用發票。非防偽稅控系統開具的增值稅專用發票不得申報抵扣進項稅額。正常經營的一般納稅人領用增值稅專用發票雖然沒有規定使用期限，但被取消一般納稅人資格的納稅人必須及時繳銷包括空白專用發票和已使用過的專用發票存根聯;一般納稅人發生轉業、改組、合并、分立、聯營等情況，也必須在變更稅務登記的同時，繳銷包括空白專用發票和已使用過的專用發票存根聯。
4、抵扣期限。一般納稅人認證通過的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票申報抵扣時間僅限于當月，且必須在認證通過的當月按照增值稅有關規定核算當期進項稅額，否則不予抵扣。對于上月認證通過的專用發票如果上月沒有申報抵扣，通常情況下在本月是不能抵扣進項稅額的。一般納稅人將外購貨物作為實物投資入股，或是無償贈送給他人，如果被投資者或是受贈者是一般納稅人，可按規定開具增值稅專用發票給被投資方，或者根據受贈者的要求開具專用發票。
5、免稅商品不能開票。零售煙、酒、食品、服裝、鞋帽(不包括勞保專用品)、化妝品等消費品不得開具專用發票的規定僅限制商業企業一般納稅人，這里不包括工業企業一般納稅人。需要注意的是，法律法規另有規定的除外，銷售免稅貨物通常也是不準開具專用發票;小規模納稅人沒有領購使用開具增值稅專用發票的權利，也不在限制范圍內，如需要開具專用發票的，可按規定向主管稅務機關申請代開。小規模納稅人申請代開專用發票時，應填寫代開專用發票繳納稅款申報單，連同稅務登記證副本，到主管稅務機關稅款征收崗位按專用發票上注明的稅額全額申報繳納稅款，同時繳納專用發票工本費;實行定期定額征收方法的小規模納稅人在正常申報情況下申請代開增值稅專用發票，如每月開票金額大于應征增值稅稅額的，應以開票金額數為依據征收稅款，并作為下一年度核定定期定額的依據;如每月開票金額小于應征增值稅稅額的，則按應征增值稅稅額數征收稅款。
6、丟失處理。一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的丟失增值稅專用發票已報稅證明單，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯復印件留存備查;如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，專用發票發票聯復印件留存備查。一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。
7、何時開紅字發票。因開票有誤購買方拒收增值稅專用發票的，銷售方必須在專用發票認證期限內向主管國稅機關填報申請單，并在申請單上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供由購買方出具的寫明拒收理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料，報主管稅務機關審核確認后憑通知單開具紅字專用發票。
8、退貨處理。一般納稅人開具增值稅專用發票后發生銷貨退回、銷售折讓以及開票有誤等情況需要開具紅字專用發票的，視不同情況分別按以下辦法處理：發生銷貨退回或銷售折讓的，納稅人銷售貨物并向購買方開具增值稅專用發票后，由于購貨方在一定時期內累計購買貨物達到一定數量，或者由于市場價格下降等原因，銷貨方給予購貨方相應的價格優惠或補償等折扣、折讓行為，銷貨方可按規定開具紅字增值稅專用發票，并在開具紅字專用發票后將該筆業務的相應記賬憑證復印件報送主管國稅機關備案。
9、保管期限。一般納稅人必須將經稅務機關認證相符、用于抵扣進項稅額的增值稅專用發票作為記賬憑證進入賬務處理，不得擅自退還給銷售方，并按規定將稅款抵扣聯裝訂成冊，進行妥善保管，保管期限為5年，保存期滿后報經主管國稅機關查驗之后銷毀。一般納稅人銷售的貨物，由先征后返或即征即退改為免征增值稅后，如果其銷售的貨物全部為免征增值稅的，應按規定上繳結存的增值稅專用發票，沒有特殊情況不得領購和使用專用發票。 |
