國際貨運代理服務有差額征稅和免征增值稅兩種優惠方式，不同的方式有不同的操作規程和要求，如何選擇，納稅人要細思量。
差額征稅操作方法
政策規定。《財政部、國家稅務總局關于將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2013〕106號）附件2第一項第四款關于銷售額的第6點規定，試點納稅人中的一般納稅人提供國際貨物運輸代理服務，以其取得的全部價款和價外費用，扣除支付給國際運輸企業的國際運輸費用后的余額為銷售額。
費用扣除。對于小規模納稅人，附件2第一項第四款第5點規定，試點納稅人提供知識產權代理服務、貨物運輸代理服務和代理報關服務，以其取得的全部價款和價外費用，扣除向委托方收取并代為支付的政府性基金或者行政事業性收費（不得開具增值稅專用發票）后的余額為銷售額。為此，小規模納稅人提供的國際貨運代理服務，雖然不能選擇差額征稅，但可以扣除向委托方收取并代為支付的政府性基金或者行政事業性收費。對于一般納稅人提供的國際貨物運輸代理服務，可選擇差額征稅，一般納稅人就扣除向委托方收取并代為支付的政府性基金或者行政事業性收費、支付給國際運輸企業的國際運輸費用的差額征稅。
憑證要求。試點納稅人從全部價款和價外費用中扣除價款，應當取得符合法律、行政法規和國家稅務總局規定的有效憑證。否則，不得扣除。1.支付給境內單位或者個人的款項，以發票為合法有效憑證。2.支付給境外單位或者個人的款項，以該單位或者個人的簽收單據為合法有效憑證，稅務機關對簽收單據有疑義的，可以要求其提供境外公證機構的確認證明。3.繳納的稅款，以完稅憑證為合法有效憑證。4.融資性售后回租服務中向承租方收取的有形動產價款本金，以承租方開具的發票為合法有效憑證。5.扣除政府性基金或者行政事業性收費，以省級以上財政部門印制的財政票據為合法有效憑證。6.國家稅務總局規定的其他憑證。
備案要求。享受差額征稅納稅人應向主管稅務機關備案并報送相關資料。“差額部分”不得開具增值稅專用發票，可以開具普通發票。
實務操作。例如，A公司是一般納稅人，主要從事國際貨運代理服務，2014年9月從委托方處取得收入1萬元，支付給國際運輸企業的運輸費用6000元（已取得國際運輸企業開具的運輸費用發票），實際收入為4000元，且差額征稅事項已在主管國稅機關備案（假設應稅服務扣除項目期初余額為0），則A公司在10月征期內該如何納稅申報？
1.填報《增值稅納稅申報表附表三（應稅服務扣除項目明細）》“6%稅率的應稅服務”欄：“本期應稅服務價稅合計額（免稅銷售額）”列填寫10000元；“應稅服務扣除項目-期初余額”列填寫0；“應稅服務扣除項目-本期發生額”列填寫6000元；“應稅服務扣除項目-本期應扣除金額”列填寫6000元；“應稅服務扣除項目-本期實際扣除金額”列填寫6000元。
2.填報《增值稅納稅申報表附表一（本期銷售情況明細）》“一般計稅方法征稅-全部征稅項目-6%稅率”（5欄）：“應稅服務扣除項目本期實際扣除金額”（12列）填寫6000元；“扣除后-含稅（免稅）銷售額”（13列）填寫4000元；“扣除后-銷項（應納）稅額”（14列）填寫226.41元（4000÷1.06×0.06）。
免稅操作方法
政策規定。附件3第一條第十四款規定，試點納稅人提供的國際貨物運輸代理服務（直接為委托人辦理）免征增值稅。
《國家稅務總局關于國際貨物運輸代理服務有關增值稅問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第42號）明確，試點納稅人通過其他代理人，間接為委托人辦理國際貨物運輸代理服務，可以按照財稅106號文附件3第一條第（十四）項免征增值稅。意味著，只要貨代企業接受委托的標的物屬于進（出）口貨物，無論是直接還是間接服務，均可適用免稅政策。
這里要注意，免稅不是簡單的免銷項稅額，而是免應納稅額。國際貨代業務需先按照差額征稅的有關規定正確計算銷售額、銷項稅額和進項稅額，然后在此基礎上確定免稅額。
有關條件。1.試點納稅人提供國際貨物運輸代理服務，向委托方收取的全部國際貨物運輸代理服務收入，以及向國際運輸承運人支付的國際運輸費用，必須通過金融機構進行結算。
2.試點納稅人為大陸與香港、澳門、臺灣地區之間的貨物運輸提供的貨物運輸代理服務參照國際貨物運輸代理服務有關規定執行。
3.委托方索取發票的，試點納稅人應當就國際貨物運輸代理服務收入向委托方全額開具增值稅普通發票。
備案要求。符合免稅條件的納稅人，需到主管稅務機關免稅備案。同時提供以下資料：《備案類減免稅登記表》；與委托方簽訂貨物運輸代理合同的原件和復印件；與國際貨物運輸企業簽訂貨物運輸合同的原件和復印件；向國際貨物運輸企業支付的國際貨物運輸費用取得的單證或發票；支付國際貨物運輸費用的金融機構結算的單據；主管稅務機關要求提供的其他資料。
實務操作。1.一般納稅人和小規模納稅人都可以享受免稅政策；2.享受免稅政策的國際貨代服務不能開具增值稅專用發票，如委托方索取發票的，納稅人應當就國際貨物運輸代理服務收入向委托方全額開具增值稅普通發票；3.試點納稅人用于免征增值稅項目的進項稅額不得抵扣；4.免稅的申報填寫：《增值稅納稅申報表附列資料（一）》18行。
如何選擇
財稅〔2013〕106號文件第四十四條規定，納稅人提供應稅服務適用免稅、減稅規定的，可以放棄免稅、減稅，按規定繳納增值稅。放棄免稅、減稅后，36個月內不得再申請免稅、減稅。國際貨代業務不得因服務對象的不同而選擇不同的稅收待遇，一旦選擇免稅待遇，均適用免稅政策；放棄免稅待遇，則均不適用免稅政策。 |
