財政部、國家稅務總局、中國人民銀行近日下發(fā)《關于印發(fā)<跨省市總分機構企業(yè)所得稅分配及預算管理辦法>的通知》（財預[2012]40號），就跨省市總分機構企業(yè)所得稅收入的征繳和分配管理工作進行了明確。該文件中“匯總清算”部分的規(guī)定發(fā)生重大改變。按照文件規(guī)定，自2013年1月1日起，總分機構匯總納稅中的“退補稅部分”，從財預[2008]10號文件規(guī)定的總機構統(tǒng)一辦理，改為由總機構和各分支機構就地辦理。財預[2008]10號文件也同時廢止。
財預[2012]40號文件規(guī)定，屬于中央與地方共享范圍的跨省市總分機構企業(yè)繳納的企業(yè)所得稅，按照統(tǒng)一規(guī)范、兼顧總機構和分支機構所在地利益的原則，實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的處理辦法，總分機構統(tǒng)一計算的當期應納稅額的地方分享部分中，25%由總機構所在地分享，50%由各分支機構所在地分享，25%按一定比例在各地間進行分配。
統(tǒng)一計算，是指居民企業(yè)應統(tǒng)一計算包括各個不具有法人資格營業(yè)機構在內的企業(yè)全部應納稅所得額、應納稅額。總機構和分支機構適用稅率不一致的，應分別按適用稅率計算應納所得稅額。
分級管理，是指居民企業(yè)總機構、分支機構，分別由所在地主管稅務機關屬地進行監(jiān)督和管理。
就地預繳，是指居民企業(yè)總機構、分支機構，應按本辦法規(guī)定的比例分別就地按月或者按季向所在地主管稅務機關申報、預繳企業(yè)所得稅。
匯總清算，是指在年度終了后，總分機構企業(yè)根據(jù)統(tǒng)一計算的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補。
財政調庫，是指財政部定期將繳入中央總金庫的跨省市總分機構企業(yè)所得稅待分配收入，按照核定的系數(shù)調整至地方國庫。
財預[2012]40號文件明確，跨省市總分機構企業(yè)是指跨省（自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的居民企業(yè)。總機構和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構就地預繳企業(yè)所得稅。三級及三級以下分支機構，其營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額等統(tǒng)一并入二級分支機構計算。
按照現(xiàn)行財政體制的規(guī)定，國有郵政企業(yè)（包括中國郵政集團公司及其控股公司和直屬單位）、中國工商銀行股份有限公司、中國農(nóng)業(yè)銀行股份有限公司、中國銀行股份有限公司、國家開發(fā)銀行股份有限公司、中國農(nóng)業(yè)發(fā)展銀行、中國進出口銀行、中國投資有限責任公司、中國建設銀行股份有限公司、中國建銀投資有限責任公司、中國信達資產(chǎn)管理股份有限公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司、海洋石油天然氣企業(yè)（包括中國海洋石油總公司、中海石油（中國）有限公司、中海油田服務股份有限公司、海洋石油工程股份有限公司）、中國長江電力股份有限公司等企業(yè)總分機構繳納的企業(yè)所得稅（包括滯納金、罰款收入）為中央收入，全額上繳中央國庫，不實行本辦法。
不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能且在當?shù)夭焕U納營業(yè)稅、增值稅的產(chǎn)品售后服務、內部研發(fā)、倉儲等企業(yè)內部輔助性的二級分支機構以及上年度符合條件的小型微利企業(yè)及其分支機構，不實行本辦法。
居民企業(yè)在中國境外設立不具有法人資格分支機構的，按本辦法計算有關分期預繳企業(yè)所得稅時，其應納稅所得額、應納所得稅額及分攤因素數(shù)額，均不包括其境外分支機構。
《跨省市總分機構企業(yè)所得稅分配及預算管理辦法》第四部分匯總清算中明確，企業(yè)總機構匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構和各境內分支機構已預繳的稅款，計算出應補應退稅款，分別由總機構和各分支機構（不包括當年已辦理注銷稅務登記的分支機構）就地辦理稅款繳庫或退庫。這一規(guī)定，改變了原來財預[2008]10號文件所規(guī)定的由總機構統(tǒng)一辦理的規(guī)定。
按照財預[2008]10號文件的規(guī)定，“各分支機構不進行企業(yè)所得稅匯算清繳，統(tǒng)一由總機構按照相關規(guī)定進行。總機構所在地稅務機關根據(jù)匯總計算的企業(yè)年度全部應納稅額，扣除總機構和分支機構已預繳的稅款，多退少補。”財預[2012]40號文件發(fā)布后，這一規(guī)定也隨之廢止。
今后，總分機構匯總納稅需要按照新的規(guī)定執(zhí)行。
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