一、對符合規定條件的納稅人可直接向主管稅務機關索取《逾期增值稅扣稅憑證抵扣申請單》、《未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證抵扣申請單》等相關紙質資料和電子信息格式，填妥后需同時向主管稅務機關申報紙質和電子文件。
二、納稅人應嚴格按照文件要求，對超期原因進行詳細書面說明，承諾其真實性并提供相應的證明；如證明件屬多用途的，應分別提供原件和復印件，復印件上需注明“與原件一致”并加蓋企業公章，主管稅務機關核對后返還原件。
三、主管稅務機關收到納稅人的申請資料后，應就以下幾方面進行審核：
1、應對納稅人所報材料的完整性進行審核。主管稅務機關要嚴格對照總局有關文件規定，將納稅人所報材料與文件所需提供的資料進行逐一核對，資料不全、項目填寫不完整的，退還納稅人補充更正，否則不予受理。
2、應對納稅人所報材料的真實性進行審核。要重點加強對納稅人交易行為和涉及人員真實性的審核，建立相應的核查制度。對申請金額較大、申請次數較多的納稅人，應列為重點核查對象，必要時要求納稅人提供企業勞動合同、從業資格證書、工資發放表、購銷合同、資金支付憑證、運輸發票等第三方證明。
有關資料經主管稅務機關審核后，應在申請單核對資料欄填寫稅收管理員、稅政部門和分管局長的審核意見。對于不符合規定、材料不完整的，應將申請資料退回納稅人，并說明原因。
四、逾期增值稅扣稅憑證有關資料經主管稅務機關審核無誤后，應將意見及請示、申請單、增值稅扣稅憑證逾期情況說明、第三方證明或說明的掃描電子信息及逾期增值稅扣稅憑證電子信息通過公文系統逐級審批后上報至省局。同時，將上述材料的紙質資料及逾期增值稅扣稅憑證復印件逐級審核后上報至省局(電子信息另上傳至省局FTP相應目錄)。
未按期申報抵扣的增值稅扣稅憑證有關資料經主管稅務機關審核無誤后，紙質資料由主管稅務機關存檔，電子信息通過FTP上報。
五、經批準的納稅人可按規定計算抵扣增值稅。
