財政扶持資金按現行財政體制稅收分成比例由地方各級財政分別負擔。其中，屬于地方各級財政共享的營業稅，改征增值稅后試點企業所增稅負需由市、區(縣級市)財政負擔部分，市、區(縣級市)財政分別按照試點前營業稅共享分成比例負擔。
第二章工作職責
第六條市和區(縣級市)財政、國稅、地稅局、國家金庫廣州中心支庫和區(縣級市)支庫(代理支庫)是負責財政扶持資金的受理申請、審核撥付、年度清算、監督檢查工作的管理部門。其職責分工如下：
(一)市和區(縣級市)財政局職責：各區(縣級市)財政局負責委托各區(縣級市)國稅局受理試點企業財政扶持資金的申請，審核和匯總上報市財政局的相關資料；向試點企業預撥財政扶持資金；完成每季度資金撥付工作后，向市財政局報送財政扶持資金的審核撥付工作情況報告；組織開展年度清算，并將相關情況上報市財政局；及時根據年度清算結果向試點企業辦理財政扶持資金的撥付和追繳等工作。
市財政局負責匯總各區(縣級市)財政局已審核的企業財政扶持資金申請，并統一上報省財政廳；把省、市本級按現行財政體制稅收分成比例應分擔的財政扶持資金通過轉移支付補助給各區(縣級市)財政；根據省財政廳的財政扶持資金批復，把批復意見下達各區(縣級市)財政局；匯總每季度各區(縣級市)的財政扶持資金審核撥付工作情況，上報省財政廳；匯總各區(縣級市)上報的年度清算結果，統一上報省財政廳；審核各區(縣級市)財政局與試點企業的年度清算結果后，依據已撥付的財政扶持資金差額，通過年終清算向各區(縣級市)財政多退少補；指導各區(縣級市)財政局完成本轄區試點企業財政扶持資金的申請受理、資金撥付、清算和追繳等工作；負責對試點企業的相關宣傳工作。
(二)市和區(縣級市)國稅局職責：各區(縣級市)國稅局受同級財政局委托受理本行政轄區內試點企業申報的財政扶持資金申請；負責審核本行政轄區內試點企業改革后按照現行稅制(即試點政策)規定繳納的增值稅；協助區(縣級市)財政局督促本轄區試點企業根據年度清算結果退還多撥的財政扶持資金。
市國稅局負責指導各區(縣級市)國稅局的委托受理、審核、協助區(縣級市)財政局督促試點企業根據年度清算結果退還多撥財政扶持資金等工作。
(三)市和區(縣級市)地稅局職責：各區(縣級市)地稅局負責審核本行政轄區內試點企業改革后按照原稅制(即原營業稅政策)規定計算的營業稅。
市地稅局負責指導各區(縣級市)地稅局的審核工作。
(四)國家金庫廣州市中心支庫和區(縣級市)支庫(代理支庫)職責：各區(縣級市)支庫(代理支庫)負責辦理本行政轄區內試點企業改革后繳納的稅款資金入庫、財政扶持資金撥付和退還等工作。
國家金庫廣州市中心支庫負責指導各區(縣級市)支庫(代理支庫)做好本行政轄區內試點企業改革后繳納的稅款資金入庫、財政扶持資金撥付和退還等工作。
第七條區(縣級市)財政局、國稅局、地稅局按月監控試點企業的稅負變化情況，市和區(縣級市)財政局對撥付的財政扶持資金進行監督檢查，國家金庫廣州市中心支庫對各區(縣級市)支庫(代理支庫)辦理本行政轄區內試點企業改革后繳納的稅款資金入庫、撥付財政扶持資金及與財政部門的季度對賬工作進行監督檢查。
第三章申請和受理
第八條財政扶持資金的申請人是指在營業稅改征增值稅試點后，在每一年度內，按照現行稅制(即試點政策)規定繳納的增值稅比按照原稅制(即原營業稅政策)規定計算的營業稅月平均增加1萬元以上(含1萬元)的我市試點企業。
試點企業在一個年度中間終止經營活動，使該年度的實際經營期不足十二個月的，應當以其實際經營期計算。
第九條試點企業申報財政扶持資金時需遞交下列材料：
(一)《關于財政扶持資金的申請》；
(二)《營業稅改征增值稅試點企業財政扶持資金申請表》；
(三)逐月《營業稅改征增值稅試點企業稅負變化申報表》；
(四)逐月《還原營業稅應稅收入減除項目明細表》及減除憑證(還原的進項稅額等抵扣憑證)復印件；
(五)逐月《營業稅應稅收入直接減除項目明細表》及減除憑證(差額扣除憑證等)復印件；
(六)逐月增值稅納稅申報表(包括附表)復印件；
(七)同期資產負債表、利潤表及現金流量表；
(八)增值稅完稅憑證復印件或電子繳稅回單、有關退稅文書及收入退還書復印件等；
(九)營業執照副本復印件；
(十)稅務登記證副本復印件；
(十一)法定代表人或機構負責人身份證復印件；
(十二)其他需報送的資料。
上述材料第二項填報表格一式四份，其他全部一式一份。九、十、十一項材料如無變化為一次性提交。申請材料按以上順序裝訂成冊，并加蓋單位公章和側面騎縫章(上述申請材料中前八項需要單獨加蓋企業蓋章)。
第十條試點企業應按季度申請財政扶持資金。申請時間為每季度終了后30日內。2012年11、12月的申請與2013年第一季的申請同時提出。
第十一條試點企業應向企業所在區(縣級市)國稅局提交申請，國稅局應即時核對試點企業提交的資料是否齊全，符合條件且資料齊備的，予以受理，并向試點企業發送受理通知書。
第四章撥付和清算
第十二條區(縣級市)國稅局、地稅局、財政局應按下列流程審核材料：
(一)區(縣級市)國稅局應自受理試點企業申請之日起5個工作日內，完成對試點企業按照現行稅制規定繳納增值稅的審核，并將審核意見和受理收取的全部材料傳遞到區(縣級市)地稅局；
(二)區(縣級市)地稅局應自收到國稅局轉來的試點企業申請材料之日起5個工作日內，完成對試點企業按照原稅制規定計算營業稅的審核，并將審核意見和材料傳遞到區(縣級市)財政局。
(三)區(縣級市)財政局應自收到地稅局審核材料之日起5個工作日內，完成對試點企業當年內逐月累計的稅負變化額審核，并于每季度申請截止日起15個工作日內把本區的審核意見和材料匯總上報市財政局。
各區(縣級市)財政局、國稅局、地稅局審核時發現試點企業需補充材料的，由經審部門在1個工作日內直接告知試點企業在3個工作日內補充材料。試點企業在規定時限內提交補充材料的，經審部門自收到補充材料之日起3個工作日內完成審核。試點企業逾期不補充的，由區(縣級市)財政局退回申請，不予辦理。
第十三條市財政局應自收到各區(縣級市)財政局審核材料之日起5個工作日內統一匯總上報省財政廳，并于省財政廳批復后的5個工作日內把批復意見下達各區(縣級市)財政局，同時抄送市國稅局、地稅局和國家金庫廣州市中心支庫。各區(縣級市)財政局在5個工作日內把批復結果通知試點企業，同時抄送各區(縣級市)國稅局、地稅局。
第十四條市財政局在上報省財政廳審核情況同時，在5個工作日內，按區(縣級市)財政局的審核意見，把省、市本級按現行財政體制稅收分成比例應分擔的財政扶持資金的90%通過轉移支付方式補助給各區(縣級市)財政。各區(縣級市)財政局在收到省、市財政補助后7個工作日內，按全額財政扶持資金的90%向企業預撥資金。待省財政廳批復意見后，市財政局在預撥次季度財政扶持資金的同時，按批復意見把當季度財政扶持資金余額補助給各區(縣級市)財政。各區(縣級市)財政局收到后，在向企業預撥次季度財政扶持資金時一并撥付當季度余額部分。
第十五條各區(縣級市)財政局在全年結束后的3個月內，會同區(縣級市)國稅局和地稅局，組織對預撥財政資金試點企業的稅負變化逐一進行審核，按照現行稅制(即試點政策)規定繳納的全年增值稅減除按照原稅制(即原營業稅政策)規定計算的全年營業稅，根據計算結果和已撥付的財政扶持資金的差額，多退少補。
市財政局依據各區(縣級市)財政局與試點企業的年度清算結果，根據已預撥的財政扶持資金差額，通過年終清算向各區(縣級市)多退少補。
對于試點企業按季申請財政扶持資金金額較小的(每一年度內月均稅負增加1～5萬元)，財政部門可按年度清算后撥付。
第五章保障措施
第十六條為強化財政扶持資金管理，市和區(縣級市)財政局、國稅局、地稅局、國家金庫廣州市中心支庫和區(縣級市)支庫(代理支庫)要加強工作協調配合，應建立以下保障措施：
(一)區(縣級市)財政局、國稅局、地稅局應組成評審小組，明確分工，加強協作，認真審核，強化財政扶持資金的管理，建立工作責任制度，確保審核、撥付、清算和監督檢查能夠有效落實。
(二)區(縣級市)財政局應組織完成好財政扶持資金的審核工作，建立財稅部門聯審機制，做好審核工作記錄，加強檔案管理。
(三)區(縣級市)財政局應當每季度與國庫部門進行對賬，將批復文件和撥付憑證與國庫的報表逐筆核對。
(四)區(縣級市)財政局應在每季度完成資金撥付工作后，向市財政局上報財政扶持資金的審核撥付情況；市財政局將匯總相關情況上報省財政廳。
第六章監督檢查
第十七條市、區(縣級市)財稅部門應定期組織對試點企業申請財政扶持資金情況專項檢查，核實試點企業申請扶持資金的真實性和準確性。
第十八條申請企業對所提供的材料數據的完整性、真實性和準確性負責。財政部門對于虛報、冒領、騙取財政資金的行為，一經查實，收回已安排的財政扶持資金，并依據《財政違法行為處罰處分條例》(國務院令第427號)等規定予以處理。
第七章附則
第十九條2012年11月1日后，我市營業稅改征增值稅試點改革過渡性財政扶持資金的管理適用本辦法。本辦法自印發之日起試行3年，有效期屆滿后政策法規依據變化的，根據實施情況依法評估修訂。
附件：1.關于財政扶持資金的申請
2.營業稅改征增值稅試點企業財政扶持資金申請表
3.營業稅改征增值稅試點企業稅負變化申報表(適用于增值稅一般納稅人)
4.《營業稅改征增值稅試點企業稅負變化申報表(適用于增值稅一般納稅人)》填表說明
5.營業稅改征增值稅試點企業稅負變化申報表(適用于增值稅小規模納稅人)
6.還原營業稅應稅收入減除項目明細表
7.《還原營業稅應稅收入減除項目明細表》填表說明
8.營業稅應稅收入直接減除項目明細表
