某房地產開發企業開發一小區商品住宅樓盤，2012年底經驗收合格開始交付購房者，該年度已售面積達總可售面積95%，剩余未售產品屬于少量的可售車位。企業在年度所得稅匯算中，其計稅收入、計稅成本均已按規定進行了核算并據實進行了結轉。2014年6月稅務機關通知企業進行清算，10月，企業向稅務機關報送了清算報告和相關資料。經稅務機關審核后應補繳土地增值稅4000多萬元。
針對清算應補繳的這4000多萬元稅款，企業陳述由于后期不再進行房地產項目開發，并實施經營業務轉型，加之，從2013年起除有少量的未售車位銷售緩慢、入不敷出外，已沒有其他收入且一直處于虧損狀態，請求稅務機關將應補繳的稅款分配到前期結算收入的各年度進行處理，補繳土地增值稅，退回由此多繳的企業所得稅1000多萬元，否則，企業難以承受如此大額的資金占用和背負的利息負擔。
上述案例從目前的實際征管情況來看已不是個案的問題了。產生問題的根本原因，從多年來的日常稅務征管實際工作來看，主要是一些開發企業對土地增值稅自行清算的意識不強，把自行清算這一重要稅收政策規定當兒戲，缺乏主動性，只要稅務機關不通知清算就不積極主動進行自行清算，加之對相關稅收政策掌握不到位，給企業造成了不必要的涉稅負擔。
就上述涉稅事項，2010年底，國家稅務總局對房地產開發企業由于繳納土地增值稅而造成清算前期相關年度多繳企業所得稅問題專門發布了《關于房地產開發企業注銷前有關企業所得稅處理問題的公告》〔國家稅務總局2010年第29號公告〕，明確了具體處理規定，即：房地產開發企業在向稅務機關申請辦理注銷稅務登記時，由于按規定對開發項目進行土地增值稅清算的當年造成虧損，且至注銷當年仍然未彌補完的，應將開發項目清算繳納的土地增值稅款，按項目開發各年度實現的銷售收入占整個項目銷售收入總額的比例，在開發項目各年度進行分攤計算多繳的企業所得稅稅款，并申請退稅。
因此，主管稅務機關根據相關規定，對該企業提出的稅款分攤及補退稅意見不予采納，企業只有等待注銷時才能申請退還這1000多萬元的企業所得稅稅款了。
對房地產開發企業來說，由于開發產品不可能在短期內銷售完成，有些開發產品銷售長達幾年甚至十多年，要想在短期內注銷企業、退回因土增稅清算時間性差異而造成多繳納的企業所得稅談何容易。因此，對房地產開發企業來說，土增稅自行清算工作不能兒戲，一是要真正明白土地增值稅自行清算是對清算項目進行全面、系統、深入的清查和剖析，起到查缺補漏、自我糾正、自我完善的作用，避免后期稅務機關在土地增值稅清算審核時對某些事項不予認可給企業帶來不利的涉稅風險和損失。二是要結合企業經營戰略和發展目標，掌握和利用好稅收相關政策，做好自行清算工作。不管企業經營情況如何，也不管企業的經營發展戰略怎樣，凡企業開發項目達到“可清算”情形時，都應當積極主動地開展自行清算工作，如果后期無開發項目，且在可預見的期間內不再從事房地產開發活動，也不會有較大的收入來維持企業日常的經營活動，那么，土地增值稅自行清算時點就應當在銷售達85%以上，且會計、稅收政策規定應當確定企業所得稅計稅收入、結轉計稅成本的當年。本案例企業如在2012年主動進行自行清算并將應繳納的土增稅款計入當期損益，就完全避免了因企業短期內無法注銷而造成資金被企業所得稅稅款長期占用的情況了。
